Question

为此标记ImageJ道歉 - 这是一个关于MicroManager的问题，MicroManager是一个显微镜插件，我认为这是最好的。

我最近使用MicroManager拍摄了一个重要实验的图像（最新版本，但我记不清确切的数字）。我所在机构的IT服务最近遇到了一些网络问题，我保存的软件首选项已被删除。当我意识到我将图像保存为单独的图像文件（三个灰度TIFF和元数据文本文件）而不是OME-TIFF图像堆栈时，我已经完成了一半的实验。

我用于图像处理的所有ImageJ宏都依赖于具有多通道图像堆栈，因此这有点问题。 MicroManager（或ImageJ）中是否有任何简单的方法可以在拍摄完图像后将这些单通道灰度图像批量转换为OME-TIFF图像堆栈？

干杯。

Answer 1

您可以从macro这样开始：

// Convert your images to a stack
run("Images to Stack", "name=Stack title=[] use");
// The stack will default the images to time points. Convert to channels
run("Stack to Hyperstack...", "order=xyczt(default) channels=3 slices=1 frames=1 display=Color");
// Export as OME-TIFF
run("Bio-Formats Exporter");

这是为了一次重建一个数据集（打开3个图像，运行宏并导出OME-TIFF）。

如果您不想显示任何对话框，可以将输出目录传递给Bio-Formats导出器：

run("Bio-Formats Exporter", "save=/path/to/image.ome.tif export compression=Uncompressed");

对于输出文件名，您可以使用getTitle()

在宏中获取原始图像名称

如果要完全自动化宏，目录中的iterating over all the files上还有一个模板示例。但是，这可能需要一些调整，因为您希望一次操作3个图像。

希望有所帮助！

MicroManager插件中的“独立图像文件”和“图像堆栈” - 两者之间的简单转换方式？

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