希望将PMID和DOI列表转换为文献计量Excel文件

时间:2015-09-01 12:26:30

标签: excel mendeley

所以我不确定我是否将此帖发布到正确的组中,但希望有人可以指出我正确的方向。

基本上,我列出了许多在线期刊的PMID和DOI号码。我希望能够将这些文件导入Mendeley,并创建制表符分隔的Excel文件的输出,每个标题(作者姓名,问题,年份等)分为不同的列。有没有办法做到这一点?

谢谢,

1 个答案:

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我会为此任务推荐API。使用您的DOI或PMID列表,您可以使用query the catalog并获取所有书目数据。数据将作为JSON对象返回,如下所示:

    [
  {
    "title": "Bayesian network meta-analysis to evaluate interferon-free treatments in naive patients with genotype 1 hepatitis C virus infection",
    "type": "journal",
    "authors": [
      {
        "first_name": "Sabrina",
        "last_name": "Trippoli"
      },
      {
        "first_name": "Valeria",
        "last_name": "Fadda"
      },
      {
        "first_name": "Dario",
        "last_name": "Maratea"
      },
      {
        "first_name": "Andrea",
        "last_name": "Messori"
      }
    ],
    "year": 2015,
    "source": "European Journal of Gastroenterology & Hepatology",
    "identifiers": {
      "doi": "10.1097/MEG.0000000000000389",
      "issn": "0954-691X"
    },
    "id": "f7d2d642-fe21-3a0c-b1fb-a5db3ec55b41",
    "link": "http://www.mendeley.com/research/bayesian-network-metaanalysis-evaluate-interferonfree-treatments-naive-patients-genotype-1-hepatitis"
  }
]

如果您希望以适合在电子表格中操作的形式使用它,则需要将结构化JSON转换为平面文件格式。以下是使用R到create a dataframe from a DOI input的示例。然后,可以使用write.delim将数据框写为制表符分隔文件。

当然,一旦你有一个R数据帧,你可能会发现在R中进行分析更容易,因为有packages for doing bibliometric analysis可用。

你可能希望使用桌面客户​​端来避免编写任何代码,但是R很容易上手并且代码的所有棘手部分都已经为你编写了,所以我希望这能让你开始。