R中的零膨胀准泊松模型（glmmadmb，pscl）

Question

问：R？

中是否可以拟合有效的，零膨胀的准泊松模型

我知道零膨胀泊松和零膨胀负二项式都可以拟合每个pscl::zeroinfl()和glmmADMB::glmmadmb()。

然而，在pscl::zeroinfl()的帮助文件示例中，准泊松是没有通货膨胀的，但在通货膨胀示范中省略了：

## data
data("bioChemists", package = "pscl")

## without inflation
## ("art ~ ." is "art ~ fem + mar + kid5 + phd + ment")
fm_pois  <- glm(   art ~ ., data = bioChemists, family = poisson)
fm_qpois <- glm(   art ~ ., data = bioChemists, family = quasipoisson)
fm_nb    <- glm.nb(art ~ ., data = bioChemists)

## with simple inflation (no regressors for zero component)
fm_zip  <- zeroinfl(art ~ . | 1, data = bioChemists)
fm_zinb <- zeroinfl(art ~ . | 1, data = bioChemists, dist = "negbin")

而dist的唯一选项是dist = c("poisson", "negbin", "geometric")。

在glmmADMB::glmmadmb()的帮助文档文档中，负二项式为family="nbinom"，而准泊松为family="nbinom1"且zeroInflation的参数定义指出：

zeroInflation: whether a zero-inflated model should be fitted 
              (only "poisson" and "nbinom" families).

我的理解是准泊松模型具有考虑过度离散的优点（尽管是线性方式）;即如果P是泊松而Q是准泊松：

但也许是因为they lack a proper likelihood它们不能轻易实现，这就是为什么它们显然是从两个比较流行的零膨胀包中省略的......

Answer 1

问：R？

中是否可以拟合有效的，零膨胀的准泊松模型

答：是的，有效的，零膨胀的准泊松模型适用于R。

将pscl::zeroinfl()放在一边，并专注于glmmADMB::glmmadmb()。

glmmADMB::glmmadmb()的一些内容：

• family="nbinom1"仍然是具有有效可能性的负二项式模型 - 帮助文件只是声明参数化对应于quasipoisson。如果你深入了解glmmADMB::glmmadmb()的内容，你会看到“nbinom”，“nbinom1”和“nbinom2”都被更改为family="nbinom"，而指定“nbinom1”只会创建一个标记来提交.tpl file中的tau=alpha代替tau=(1+e1+lambda/alpha)。

• 此外，软件包维护者在owls displayed on page 17 of a PDF at the ADMB website的分析中使用family="nbinom1"和zeroInflation=TRUE作为首选模型：

  gfit3＆lt; - glmmadmb（NCalls（FoodTreatment + ArrivalTime）* SexParent + 偏移（logBroodSize）+（1个|巢）， 数据=猫头鹰， zeroInflation = TRUE， family =“nbinom1”）

• 虽然this discussion不是zeroInflation=TRUE和family="nbinom1"模型，但Ben在zeroInflation=FALSE案例中解释了nbinom1与准泊松的参数化。< / p>