Question

我发现knitr文档继承了用户环境中的变量，即使提供了参数envir = new.env()。如何防止它继承这些变量？

例如，假设我使用不存在的变量（y）编写了一个简单的.Rmd文件，编织它并显示生成的文件：

library(knitr)
writeLines(c("```{r}", "y + 1", "```"), "test.Rmd")
knit("test.Rmd", quiet = TRUE, envir = new.env())
# [1] "test.md"
cat(readLines("test.md"), sep = "\n")
# 
# ```r
# y + 1
# #> Error in eval(expr, envir, enclos): object 'y' not found
# ```

当然，我得到的错误是y变量不存在，就像我应该的那样。

但是，如果我在自己的环境中定义y，我发现我现在可以在.Rmd文件中引用y，即使我提供了envir = new.env()参数。 / p>

y <- 3
knit("test.Rmd", quiet = TRUE, envir = new.env())
# [1] "test.md"
cat(readLines("test.md"), sep = "\n")
#
# ```r
# y + 1
# # [1] 4
# ```

我的理解是envir = new.env()应该导致在没有y变量的新环境中评估knitr文档。这是一个问题，因为它允许knitr文档不可重现，引用我未在文档中定义的变量。

请注意，rmarkdown render documentation（knit的包装）明确表示您可以使用envir = new.env()：

在编织期间评估代码块的环境（可以使用new.env（）来保证空的新环境。）

但是，出于同样的原因，render显示出与上述相同的行为。我对envir = new.env()的期望（和rmarkdown文档）是否不正确，或者我是否错误地使用了它？还有另一种方法可以保证文档中的新环境被编织吗？

Answer 1

new.env has a parent argument，其默认值为parent.frame() - 即来电者。换句话说，您的新环境会继承当前环境中的所有内容。

您可以通过指定parent：

来避免这种情况

new.env(parent = baseenv())

或者，如果您想继承加载的包：

new.env(parent = as.environment(2))

而且，是的，render文档有点误导：虽然new.env()提供了一个新的，空的环境，但它并没有完全与调用者分离，调用者可能几乎从不想只使用{ {1}}。

为了能够在继承自new.env()的干净环境中使用包，您需要手动实现包附件机制，因为R包本身不支持环境隔离（grrr！）。或者您使用“modules” package，它支持本地连接的包：

baseenv()

```{r} modules::import_package('ggplot2', attach = TRUE) qplot(rnorm(10)) ```参数导致程序包在本地附加，与attach = TRUE不同。

以下是可以使用的“modules” package loading code的精简版本：

library

用法：

require_namespace = function (package) {
    ns = .Internal(getRegisteredNamespace(package))
    if (is.null(ns))
        ns = tryCatch(loadNamespace(package), error = identity)

    ns
}

exhibit_package_namespace = function (namespace, name, parent, export_list) {
    structure(list2env(sapply(export_list, getExportedValue, ns = namespace,
                              simplify = FALSE),
                       parent = parent.env(parent)),
              name = paste('package', name, sep = ':'),
              path = getNamespaceInfo(namespace, 'path'))
}

library_local = function (package, parent = parent.frame()) {
    pkg_ns = require_namespace(package)
    if (inherits(pkg_ns, 'error'))
        stop('Unable to load package ', sQuote(package), '\n',
             'Failed with error: ', sQuote(conditionMessage(pkg_ns)))

    export_list = getNamespaceExports(pkg_ns)
    pkg_env = exhibit_package_namespace(pkg_ns, package, parent, export_list)
    parent.env(parent) = pkg_env
}

Answer 2

尽管@Konrad Rudolph's a试图解决R软件包系统对envir=baseenv()的依赖的潜在问题（阻止使用global.env），这是非常令人钦佩的，但在大多数情况下，它可能更多对于knit / render R降价文件，通过callr使用类似的功能

render_separately <- function(...) callr::r(
    function(...) rmarkdown::render(..., envir = globalenv()), args = list(...), show = TRUE)

或

knit_separately <- function(...) callr::r(
    function(...) knitr::knit(..., envir = globalenv()), args = list(...), show = TRUE)

。在您的示例中，这些（正确）引发了预期的错误：

library(knitr)
writeLines(c("```{r}", "y + 1", "```"), "test.Rmd")
y <- 3
knit_separately("test.Rmd", quiet = TRUE)
#> [1] "test.md"
cat(readLines("test.md"), sep = "\n")
#> 
#> ```r
#> y + 1
#> ```
#> 
#> ```
#> ## Error in eval(expr, envir, enclos): object 'y' not found
#> ```

envir=globalenv()是必需的，因为否则Rmarkdown文档的代码将在匿名函数的执行环境中执行，这可能导致难以理解的问题（1，2 ）。

在Rstudio中单击“编织”按钮时，会发生类似的情况。我不明白为什么rmarkdown / knitr中不支持此默认设置。看到这些问题：（https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1204 https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1673和以下问题：Difference: "Compile PDF" button in RStudio vs. knit() and knit2pdf()

knitr从用户的环境继承变量，即使使用envir = new.env（）

2 个答案: