我有两个文件,一个是换行符分隔的数字ID列表
>cat list.txt
3342
232
...
和一个在
之后的行中有ID和一些序列数据的人>cat Seqeunce.txt
>600
ATCGCGG
>3342
ACTCGGTC
>232
TGTGCT
>3342
ACGCGGTC
我想打印ID匹配和下一行的所有行,但只是第一次找到匹配。 所以,输出将是:
> ...some code... list.txt Sequence.txt
>3342
ACTCGGTC
>232
TGTGCT
请注意,只打印第一次出现ID 3342和下一行的行
我尝试使用grep,
grep -f list.txt -A 1 -m 1 Sequence.txt
但它没有用。只运行grep -A 1和-m 1,实际ID就产生了我想要的东西,但是我有数千个ID,并且不能手动运行。
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你是如此亲密。试一试:
for id in `cat list.txt`; do grep -A 1 -m 1 -x ">$id" Sequence.txt; done