Question

我也想以相同的方式拆分同一列。我想这样做，因为它不能正常工作。

我使用的代码是 t38kbat = read.table("test38kbat.txt", header = FALSE) head(t38kbat)

t38kbat <- separate (t38kbat, V2, c("sp", "id", "gene_organism"), \\"|") t38kbat <- separate (t38kbat, gene_organism, c("gene", "organism"), \\"_") t38kbat <- unite (t38kbat, sp, sp, id, sep = "|")

当我运行脚本时，我收到了错误

错误：＆＃34; t38kbat＆lt; - 中的意外输入（t38kbat，V2，c（＆＃34; sp＆＃34;，＆＃34; id＆＃34;，＆＃34; gene_organism＆＃34; ），\＆＃34;

任何人都可以指导我如何解决它。谢谢

Answer 1

在基础R中，strsplit命令将对该表单的向量进行操作，但会生成一个列表，您必须进一步简化该列表。

在tidyr包中，有一个separate函数可以保留事物的数据框性质。对于这个用例，这可能是最好的。

例如

> library(tidyr)
> a <- data.frame(x=1:3, y=c("a|b|c", "b|c|d", "d|e|f"))
> a
  x     y
1 1 a|b|c
2 2 b|c|d
3 3 d|e|f
> separate(a, y, c("a","b","c"), '\\|')
  x a b c
1 1 a b c
2 2 b c d
3 3 d e f

要稍微充实strsplit解决方案，你必须使用cbinds稍微笨拙的组合才能到达那里

> cbind(a, do.call(cbind, strsplit(as.character(a$y), "\\|")))
  x     y 1 2 3
1 1 a|b|c a b d
2 2 b|c|d b c e
3 3 d|e|f c d f

编辑：还应注意，如果使用tidyr方法，则必须递归使用它，可能使用unite，以获得完整的行为。像

这样的东西

df <- separate(df, col, c("type", "subtype", "rawclass"), "\\|")
df <- separate(df, rawclass, c("class", "subclass"), "_")
df <- unite(df, sp, type, subtype, sep="|")

假设原始列名为col，并且具有最终标题的虚构名称。

Answer 2

在我看来（因为没有可拆分的常用分隔符）substring（）可能对你有所帮助。 substring（）需要一个起始位置和结束位置;如果这是可预测的（和静态的），逻辑将看起来像这样：

myDataFrame = data.frame(Column2 = "sp|Q10CQ1|MAD14_ORYSJ")
myDataFrame$newCol1 = substring(myDataFrame$Column2,1,10)
myDataFrame$newCol2 = substring(myDataFrame$Column2,11,15)
myDataFrame$newCol3 = substring(myDataFrame$Column2,17,21)

不过于优雅，这假设每个值的分割位置相同，但希望这会有所帮助。

如何拆分R中的列？

2 个答案: