Question

我有一个file.txt形式：

; In this topology include file, you will find position restraint
; entries for all the heavy atoms in your original pdb file.
; This means that all the protons which were added by pdb2gmx are
; not restrained.

[ position_restraints ]
; atom  type      fx      fy      fz
     1     1  1000  1000  1000
     5     1  1000  1000  1000
     7     1  1000  1000  1000
    10     1  1000  1000  1000
    12     1  1000  1000  1000
    13     1  1000  1000  1000
    14     1  1000  1000  1000
    16     1  1000  1000  1000

（如果您感兴趣，这是来自gromacs）的位置限制文件

在Python中，我有一个numpy.array的整数[2, 4, 7, 8, 9, 10, 15, 108]。我想将file.txt替换为：

; In this topology include file, you will find position restraint
; entries for all the heavy atoms in your original pdb file.
; This means that all the protons which were added by pdb2gmx are
; not restrained.

[ position_restraints ]
; atom  type      fx      fy      fz
     2     1  1000  1000  1000
     4     1  1000  1000  1000
     7     1  1000  1000  1000
     8     1  1000  1000  1000
     9     1  1000  1000  1000
    10     1  1000  1000  1000
    15     1  1000  1000  1000
   108     1  1000  1000  1000

也就是说，file.txt中的表的第一列将被我在Python中定义的整数数组所取代。请注意如何遵守列中的对齐方式。这很重要。

我该怎么做？我在问题标题中使用numpy.savetxt，因为它与我想要做的很接近，但我认为numpy.savetxt本身并不能做到。

我该怎么做？

Answer 1

您应该可以使用savetxt和各种参数重新创建此输出。

需要header和comments。我尝试使用多行标题和comments=';'，看看是否重现了文件标题。

fmt控制数据的布局。您可以指定一列，它将为所有列复制，或者您可以指定所有列。看看文档并玩转。

至于数据，我从原始文件加载它，得到一个2d数组（它是全部整数）。然后用新数字替换第1列。并将其传递给您的savetxt。

大致是：

arr = loadtxt('oldfile', etc)
arr[:,0] = newcolumn
np.savetxt('newfile', arr, header..., )

标题的另一种方法是从原始行读取相应的行，并将它们写入新文件。然后将文件保持打开状态，将其句柄传递给savetxt。 savetxt采用文件名或已打开文件的句柄。因此，它可以将材料添加到现有文件中。

如果你不能写自己的文件。 savetxt没有做任何神秘的事情。它就在python代码中。编写数据的核心步骤是：

 for row in X:
    fh.write(asbytes(format % tuple(row) + newline))

换句话说，它逐行逐行写入2d数组。 format源自您的输入fmt参数。

 format % tuple(row)

是正常的Python字符串格式，使用输入数组中一行的数据。尝试使用fmt，直到获得正确的列布局。

numpy.savetxt将数组保存到文件中的特定位置？

1 个答案: