验证gunzip减压

Question

我正在处理我使用以下联系的大型数据集：cat file1.fasta.gz file2.fasta.gz > newfile.fasta.gz

然后我使用：gunzip newfile.fasta.gz解压缩newfile，在一些生物信息学软件中使用它。枪弹需要永远，我离开电脑后再回来。

我担心这个过程可能会在某个时候失败，留下一个部分文件。有没有办法确定newfile.fasta是否包含newfile.fasta.gz的完整解压内容？

inb4：＆＃34;不要离开你的电脑＆＃34;

Answer 1

应该没问题。如果您担心，那么您可以检查文件大小： newfile.fasta.gz的大小应为file1.fasta.gz + file2.fasta.gz。

由于看起来你已经解压缩了新文件，你可以仔细检查每个fasta文件中的序列条目数。

$ gunzip -c file1.fasta.gz | grep -c '^>'
$ gunzip -c file2.fasta.gz | grep -c '^>'
$ grep -c '^>' newfile.fasta

或者你可以用“grep -c'^＆gt;'”代替wc。