Question

我创建了这段代码：

gene = open("AY365046.1.txt","r")

g=0;
a=0;
c=0;
t=0;

gene.readline()

for line in gene:
    line = line.lower()
    for char in line:
        if char == "g":
            g+=1
        if char == "a":
            a+=1
        if char == "c":
            c+=1
        if char == "t":
            t+=1

print "Guanina: " + str(g)
print "Adenina: " + str(a)
print "Citosina: " + str(c)
print "Timina: " + str(t)

gc = (g+c+0.) / (a+t+c+g+0.)

print "Conteúdo GC: " +str(gc)

现在我想让它互动...我的目标是使用 input（）功能来获取“序列号”，它将显示相应的数据......

在上面的代码中，它只获取一个序列/文件的数据（AY365046.1.txt）...因此，我需要代码才能访问更多文件（例如， sequence1.txt 和 sequence2.txt ）...然后，获取 g ， a ， c 输入（）功能上通知序列/文件的strong>和 t ...

例如：

1）系统要求输入序列号

2）用户输入 sequence2

3）系统从 sequence2.txt

获取数据

4）变量 g ， a ， c 和 t 从该文件中获取数据

5）如果序列不存在，则打印错误...

据我所知，要做到这一切，我只需要声明变量，将.txt文件分配给每一个变量，然后创建一个if / else ......

问题是我已经尝试了所有我能找到的东西，但没有任何作用......

显然我不是要求为我制作代码，但是......你们至少可以告诉我在哪里需要开始吗？我需要做的逻辑是正确的吗？我错过了什么？

Answer 1

我想你想要这个：

import os

id = raw_input('please enter the file numbers id:')
file='AY{0}1.txt'.format(id)

if not os.path.exists(file):
    print "Error the file doesn't exists"
else:
    g,a,c,t=0,0,0,0
    with open(file,'r') as f:
        next(f)
        for line in f:
            for char in line.lower():
                if char == 'g':
                    g+=1
                if char == 'a':
                    a+=1
                if char == 'c':
                    c+=1
                if char == 't':
                    t+=1

    print "Guanina: {0}".format(g)
    print "Adenina: {0}".format(a)
    print "Citosina: {0}".format(c)
    print "Timina: {0}".format(t)

    gc = (g+c+0.) / (a+t+c+g+0.)

    print "Conteúdo GC: {0}".format(gc)

但我认为您应该解释代码的预期行为，因为它并不是很清楚。

Answer 2

我在您的代码中看到的问题是您只从文本文件中读取一行。下面的代码将返回整个文档的列表，以便您可以按照其余代码的方式进行迭代。

with open("AY365046.1.txt","r") as f:
   lines = f.readlines()

您可以在manual

中详细了解该文件对象

如何询问用户的输入以使代码具有交互性

2 个答案: