Question

我正在尝试编写一个带有csv的perl脚本，例如。

得分，ID
  1,6833
  0.508201,2759
  0.587154,2759
  0.845473,2759
  0.882188,33630

输出例如。

ID，得分，丰度
6833,1,1
2759,0.508201,0.845473,1,3
33630,0.882188,1

仅按第1列取＆gt; = 0.5的行。按第27列重复的第2列，收集其后的分数。最后一个数字是例如2759的丰度，其存在3次。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
open( my $csv, "$ARGV[0]" ) or die "Failed to open file: $!\n";
open( my $csv_spp, ">$ARGV[0]_spp_ML.csv" );

while ( my $line = <$csv> ) {
    my ( $ml, $id ) = split( /,/, $line );
    if ( $ml >= 0.5 ) {

        if ( $id = $id ) {
            my $count++;
        }

        print $csv_spp $id, $count;
    }
}
close($csv);
close($csv_spp);

我坚持如何让数字跟随或计算出现次数。

Answer 1

你的问题在这里：

if ( $id = $id ) {
    my $count++;
}

这......是胡说八道。 $count是词法范围的，所以在你“增加”它之后，它就会超出范围并再次消失。

此外，测试是否$id = $id - 即使你的意思是==你正在测试某件事是否与自己相等。（如果你没有，你正在测试你是否可以为自己分配一些东西，这没什么意义。）

你可能意味着使用哈希计算你的出现次数，你可能需要另一个数组哈希来整理你的值。

这样的事情：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
open( my $csv, '<', "$ARGV[0]" ) or die "Failed to open file: $!\n";
open( my $csv_spp, '>', "$ARGV[0]_spp_ML.csv" );

my %count_of; 
my %values_of; 

while ( my $line = <$csv> ) {
    chomp; 
    my ( $ml, $id ) = split( /,/, $line );
    if ( $ml >= 0.5 ) {
        $count_of{$id}++; 
        push ( @{$values_of{$id}}, $id );
    }
}
close($csv);

foreach my $id ( sort keys %count_of ) {
   print {$csv_spp} join ( ",", $id, @{$values_of{$id}}, $count_of{$id} ),"\n";
}

close($csv_spp);

您可能还想考虑使用Text::CSV来阅读您的文件。

Perl格式化csv文件并计算出现并放入行

1 个答案: