Question

使用以下命令在终端中安装matlab python包之后：

cd "matlabroot\extern\engines\python"
python setup.py install

试图运行它，我得到一个段错误：

:~$ python
Python 2.7.10 |Anaconda 2.3.0 (x86_64)| (default, May 28 2015, 17:04:42) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://binstar.org
>>> import matlab.engine
Segmentation fault: 11

但是，我可以通过设置matLD.engine工作的DYLD_LIBRARY_PATH来解决这个问题：

:~$ export DYLD_LIBRARY_PATH=/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/Current/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH
:~$ python
Python 2.7.6 (default, Sep  9 2014, 15:04:36) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 6.0 (clang-600.0.39)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import matlab.engine
>>> eng = matlab.engine.start_matlab()
>>> exit()

然而，当我之后尝试启动iPython时，我收到此错误：

Traceback (most recent call last):
  File "//anaconda/bin/ipython", line 4, in <module>
    from IPython import start_ipython
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/__init__.py", line 45, in <module>
    from .config.loader import Config
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/__init__.py", line 6, in <module>
    from .application import *
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/application.py", line 19, in <module>
    from IPython.config.configurable import SingletonConfigurable
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/configurable.py", line 12, in <module>
    from .loader import Config, LazyConfigValue
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/loader.py", line 16, in <module>
    from IPython.utils.path import filefind, get_ipython_dir
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/utils/path.py", line 14, in <module>
    import tempfile
  File "//anaconda/lib/python2.7/tempfile.py", line 32, in <module>
    import io as _io
  File "//anaconda/lib/python2.7/io.py", line 51, in <module>
    import _io
ImportError: dlopen(//anaconda/lib/python2.7/lib-dynload/_io.so, 2): Symbol not found: __PyErr_ReplaceException
  Referenced from: //anaconda/lib/python2.7/lib-dynload/_io.so
  Expected in: dynamic lookup

正如您所看到的，python版本是不同的。我认为这是我的系统Python和Anaconda之间的冲突，但我不确定如何解决它，任何帮助非常感谢。感谢。

Answer 1

您需要使用conda命令行安装实用程序而不是python来安装库。 conda help search和conda help install可以帮助你。

Answer 2

这不是一个直接的解决方案，但我遇到了同样的问题，并使用了这种解决方法。 我应该说我最终在我的Python环境中运行matlab.engine，但它只是简单的糟糕。它无法在其他文件夹中运行带有嵌入式脚本的脚本，我也经历过无法找到一些内置函数。以下是针对Unix机器实现的，但我认为不需要进行大量修改就可以在Windows中运行。

这就是我做的事情：

写了一篇主要的Matlab脚本，可以从Matlab做我需要的一切。
通过Python中的子流程来运行该脚本。

在我的情况下，我需要对矩阵 X 执行一系列矩阵运算，并返回矩阵 S 。矩阵运算需要使用特定的Matlab函数。我的第一个想法是用matlab.engine打开一个Matlab会话，然后在Python中管理矩阵操作，只在需要时调用Matlab函数。相反（作为子弹状态）我写了一个Matlab函数ComputeSimilarityMat，它采用 X ，执行所有必要的操作，并返回 S 。然后我基本上只是使用子进程从Python运行Matlab函数。

通过子进程管理Matlab脚本的Python脚本如下所示：

import subprocess
import numpy as np

def run_matlab(X):
    """Produce trait-similarity matrix S from a trait-space matrix X

    Parameters
    ----------
    X : numpy.ndarray

    Returns
    -------
    S : numpy.ndarray
    """

    # Dump input in .csv, so Matlab can load it
    np.savetxt('X.csv', X, delimiter=",")

    # Code executed in Matlab. Important to end with quit;
    matlab_code = "X=csvread('X.csv');" \
                  "S=ComputeSimilarityMat(X);" \
                  "csvwrite('S.csv',S);" \
                  "quit;"

    # -nosplash suppresses the splash window on startup
    matlab_call = ["matlab", "-nodesktop", "-nosplash", "-r", matlab_code]
    subprocess.call(matlab_call)

    # Load the .csv file that Matlab dumps after finishing
    S = np.genfromtxt('X.csv', delimiter=",")

    return S

我必须说，我确信有一种更好的方法可以将对象传递给Matlab然后必须像这样保存和加载，但它对我有用。仍然希望改进matlab.engine但是在那之前我会采用这种方法。

注意：要从命令行/子进程运行Matlab，您需要将Matlab bin文件夹添加到PATH变量中，如下所示：

export PATH="/Applications/MATLAB_R2015a.app/bin:$PATH"

我把它放在我的.profile文件中。

Answer 3

在我的情况下，将内容添加到LD_LIBRARY_PATH（Ubuntu的DYLD_LIBRARY_PATH版本）只会让事情变得更糟。相反，我必须确保它没有引用Python安装，并且必须添加来自/ usr / lib的符号链接。见https://stackoverflow.com/a/45161288/2524427

Matlab Engine Python - 使用iPython的OSx Anaconda Segfault或DYLD_LIBRARY_PATH错误

3 个答案: