R Circular Chord Plots

Question

我正在学习如何在R中创建圆形图，类似于CIRCOS 我使用包circlize根据航班是OB，入站和返回来绘制始发地和目的地对之间的链接。数据的逻辑并不重要，它只是一个玩具示例

我已经根据下面的代码使用了基于以下逻辑

的代码

1. 获取我的数据，将目标列与航班类型相结合
2. 转换为矩阵并将原点和新列输入circlize

Reference

library(dplyr)
library(circlize)

# Create Fake Flight Information in a table
orig = c("IE","GB","US","ES","FI","US","IE","IE","GB")
dest = c("FI","FI","ES","ES","US","US","FI","US","IE")
direc = c("IB","OB","RETURN","DOM","OB","DOM","IB","RETURN","IB")
mydf = data.frame(orig, dest, direc)

# Add a column that combines the dest and direction together
mydf <- mydf %>%
  mutate(key = paste(dest,direc)) %>%
  select (orig, key)

# Create a Binary Matrix Based on mydf
mymat <- data.matrix(as.data.frame.matrix(table(mydf)))

# create the objects you want to link from to in your diagram
from <- rownames(mymat)
to <- colnames(mymat)

# Create Diagram by suppling the matrix 
par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mymat, order = sort(union(from, to)), directional = TRUE)
circos.clear()

我很喜欢这个情节，但想稍微改变一下。例如FI（芬兰）在FI IB，FI OB和FI图上有3个测量值。我想如果可能的话使用一个颜色方案，箭头或甚至增加一个额外的轨道，其充当用于IB OB伞航班的三种类型之间将它们全部结合FI下和区分和RETURN航班

所以例如，

• FI OB将被放置在FI中但是具有到GB的单向箭头以表示OB
• FI IB将被放置在FI中，但是单向箭头进入FI
• FI RETURN（如果存在）将有一个双头箭头

任何人都可以提供帮助，有没有人见过以前做过类似的事情？ 最终结果应该只是让一个国家出现在地块上，以便有人能够很快看到哪些国家的航班数量最多

我已经尝试过关注other posts，但我担心当他们转向更高级的东西时会迷失方向

非常感谢你的时间

Answer 1

首先，我认为您的数据中存在重复的记录（IE-FI-IB）。

我将首先附上代码和图，然后再解释一下。

df = data.frame(orig, dest, direc, stringsAsFactors = FALSE)
df = unique(df)
col = c("IB" = "red",
        "OB" = "blue",
        "RETURN" = "orange",
        "DOM" = "green")
directional = c("IB" = -1,
                "OB" = 1,
                "RETURN" = 2,
                "DOM" = 0)
diffHeight = c("IB" = -0.04,
                "OB" = 0.04,
                "RETURN" = 0,
                "DOM" = 0)
chordDiagram(df[1:2], col = col[df[[3]]], directional = directional[df[[3]]], 
    direction.type = c("arrows+diffHeight"),
    diffHeight = diffHeight[df[[3]]])

legend("bottomleft", pch = 15, legend = names(col), col = col)

首先，您需要使用 circlize 的开发版本 你可以通过

安装它

devtools::install_github("jokergoo/circlize")

在这个新版本中，chordDiagram()支持输入变量作为数据框并为链接绘制双头箭头（刚看完帖子后）：）。

在上面的代码中，col，directional，direction.type和diffHeight都可以设置为与df中的行对应的向量。

当directional中的chordDiagram()参数设置为2时，相应的链接将有两个方向。然后如果direction.type包含箭头，则会有一个双头箭头。

由于diffHeight是一个与df中的行对应的向量，如果要通过箭头和根的偏移来显示单个链接的方向，则需要合并这两个选项作为单个字符串，如示例代码"arrows+diffHeight"中所示。

默认情况下，链接的方向是从第一列到第二列。但在您的情况下，IB表示反向，因此我们需要将diffHeight设置为负值以反转默认方向。

最后，我发现你有链接在同一扇区（ES-ES-DOM和US-US-DOM）开始和结束，你可以使用self.link参数来控制如何表示这种自我链接。下图中self.link设置为1。

Answer 2

你需要箭头吗，因为图中的颜色编码已经告诉了From / To故事（FROM - ＆gt;颜色边缘FROM COUNTRY，TO是来自TO COUNTRY的FROM COUNTRY的颜色，IF FROM ==它自己的颜色返回它自己的基础（例如参见美国或ES））。

library(dplyr)
library(circlize)

# Create Fake Flight Information in a table
orig = c("IE","GB","US","ES","FI","US","IE","IE","GB")
dest = c("FI","FI","ES","ES","US","US","FI","US","IE")
mydf = data.frame(orig, dest)

# Create a Binary Matrix Based on mydf
mymat <- data.matrix(as.data.frame.matrix(table(mydf)))

# create the objects you want to link from to in your diagram
from <- rownames(mymat)
to <- colnames(mymat)

# Create Diagram by suppling the matrix 
par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mymat, order = sort(union(from, to)), directional = TRUE)
circos.clear()

顺便说一下 - ＆gt;边缘上还有一个OFFSET差异，它告诉它是FROM（较宽边）还是TO（较小边）