Question

我正试图在一个闪亮的app中用一个图形绘制两个具有对数x轴的直方图。这是抛出错误的代码：

allGeneData <- read.csv('data/CoRN_data1.csv')

shinyServer(function(input, output) {

  igsAll <- allGeneData[allGeneData$Gene=="IGS",]
  igsClean <- igsAll[!is.na(igsAll$copies_indiv_fit_avg),]
  igsClean$copies_indiv_fit_avg <- igsClean$copies_indiv_fit_avg + 1
  xmax <- max(igsClean$copies_indiv_fit_avg)*1.1
  ylimits <- seq(0,10)

  varList <- levels(allGeneData$variety)

  selectedVar <- reactive({
    s <- igsClean[igsClean$variety==input$varietySelect,]
    sNumbs <- s$copies_indiv_fit_avg
    sHisto <- hist(sNumbs)
    return(sHisto)
  })
  remainder <- reactive({
    r <- igsClean[igsClean$variety!=input$varietySelect,]
    rNumbs <- r$copies_indiv_fit_avg
    rHisto <- hist(rNumbs)
    return(rHisto)
  })

  output$ggplotHisto2 <- renderPlot({
    plot(selectedVar(), col=rgb(0,1,1,.25), xlim=c(1,xmax), ylim=c(0,12), log="x")
    plot(remainder(), col=rgb(1,1,0,.25), xlim=c(1,xmax), ylim=c(0,12),add=T)
  })
})

这是错误：

运行警告（timeoutMs）：“log”不是图形参数

我读过的大部分文档都说log="x"就是这样做的。其他人说这是logx=T。后者不会出现错误，但也不会使x轴呈对数。我一直在敲打这个应用程序很多很多小时，任何帮助都会受到赞赏！

Answer 1

当您指定绘图（...，log =＆＃39; x＆＃39;）时，R在（自然）对数刻度上绘制x轴，但您在x轴上看到的值是记录的值。

要查看上述陈述如何成立的示例，请考虑以下示例：

y = rnorm(3) #Generate 3 random numbers
x = c(2.7,2.7^2,2.7^3) #Approximately equal to 1, 2, 3 on log scale
plot(y~log(x), bg = 'blue', pch =21) #Plot by directly taking log x
par(new=T) #Used to overlay plot
plot(y~x, col ='red', log='x', xaxt = 'n', pch = 2, xlab = "") #Another way to plot where x is on log scale.          
#Remove x axis labels. 

#The two plots are identical

Answer 2

问题是您在添加的第二个绘图命令中再次指定了log = "x"。

以下内容触发警告： plot(1:100, log = "x") plot((1:100)^2, log = "x", add = TRUE)

以下内容没有，但是给出了相同的图： plot(1:100, log = "x") plot((1:100)^2, add = TRUE)

使用plot（）

2 个答案: