Question

通过使用迭代和理解，我创建了一个python字典，用于存储与值相关的键（与某些特征相关的统计数据）。键，指的是一个唯一的ID（在我的例子中，是一个基因）。我已经通过一个元组列表填充了值，每个元组都表示一个特征的起始点和长度（在这种情况下， ORF 或其他基因ID的潜在蛋白质编码序列）。任何给定的基因都可以有许多这样的特征一般形式如下：

{key1:[(startpoint1,length1)], key2[(startpoint1,length1)(startpoint2,length2)...], key3[]}

如下所示（在示例字典中），某些键可能只有一个功能（只有一个元组对），而其他键可能有多达100个或更多。为简单起见，我已经展示了3对seq1。也可以有没有功能的键，例如seq3和4。

{'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}

我希望迭代这个字典，以便在“长度”最大时获得“起始点”。在我的例子中，我应该得到的答案是

startpoint 1 （在seq1中），因为它在所有条目中的最大长度值（12）。

我发现很难迭代多个元组。

Answer 1

这段代码应该这样做。

myDict = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}

maxLength = 0;
maxStartingPoint = 0;
maxSeq = ""

for sequence in myDict:

    for key,value in myDict[sequence]:
        if value > maxLength:
            maxLength = value
            maxStartingPoint = key
            maxSeq = sequence

Answer 2

您还可以使用itertools.chain.from_iterable，将dict.values()（字典中的所有值列表）传递给它。然后使用带有键参数的max来获取第二个索引（1-index）处最大值的元组，示例 -

>>> from itertools import chain
>>> d = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}
>>> max(chain.from_iterable(d.values()),key=lambda x: x[1])
(1, 12)

itertools.chain.from_iterable，将其获取的迭代作为输入并将每个链接到一个列表中，例如 -

>>> l = [(1,2),(3,4)]
>>> list(chain.from_iterable(l))
[1, 2, 3, 4]

Answer 3

这是我的方法：创建一个元组列表(length, start_point, key)，这样，max函数可以选择具有最大长度的元组。

def maxlen(seq):
    longest = max((length, start_point, key) for key, value in seq.iteritems() for start_point, length in value)
    return longest

# Test
seq = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}
length, start_point, key = maxlen(seq)  # 12, 1, 'seq1'

解析元组字典

3 个答案: