Question

以下是我在bash中使用的工作代码：

inputDir='bla/bla/RNAseq/fastq/original/test'

for trimFile in $inputDir/*".1.trimmed"
    do
       filenumtwo=`basename -s .1.trimmed "$trimFile"`
       /bla/bla/softwares/SolexaQA++_v3.0/Linux_x64/SolexaQA++ lengthsort -l 20 -c $trimFile $inputDir/$filenumtwo.2.trimmed
    done

正如您所看到的，我能够专门循环文件夹中仅以.1.trimmed结尾的文件，剪切扩展并将结果存储在新变量中，并使用该变量并简单地添加.2。修剪它，所以我把那些配对的文件作为参数。

我想用python做到这一点，但它不起作用。我尝试过使用set，定义一个类，或者只是使用trimFile.endswith（＆＃34; 1.trimmed＆＃34;），但它不起作用。我很遗憾，我很遗憾。

这是我在python中的最新尝试......我已经完成了许多不同的循环配置：

solexa = "/bla/bla/softwares/SolexaQA++_v3.0/Linux_x64/SolexaQA++"
clipped = "/bla/bla/RNAseq/fastq/test/clipped/"

for trimFile in os.listdir("."):
   if trimFile.endswith("1.trimmed"):
      print "Clipping with SolexaQA++"
      command = [solexa,"lengthsort","-l","20","-c",trimFile,trimFile.endswith("2.trimmed"),"-d",clipped]
      subprocess.call(command)

编辑：谢谢，这是对我有用的

for trimFile in glob.glob("*1.trimmed"):
    print "Clipping with SolexaQA++"
    trimFile2 = trimFile[:-9]
    trimFile2 = trimFile2 + '2.trimmed'
    command = [solexa,"lengthsort","-l","20","-c",trimFile,trimFile2,"-d",clipped]
    subprocess.call(command)

Answer 1

要获取与特定模式匹配的文件列表，我建议您使用glob。例如，为了找到你想要的东西，你可以这样写：

import glob
for file in glob.glob('*.1.trimmed'):
    ...

修剪文件名（从bash转换为Python）

1 个答案: