Question

我想查询pdb文件（XML格式）并将相关信息存储在另一个xml文件中。我已经参与了一些教程，并设法用更简单的文件来完成。

XML文件如下所示：http://www.rcsb.org/pdb/files/1L2Y.xml

我想基于简单条件存储原子坐标（以及其他一些信息），属性值PDBx：auth_atom_id等于＆＃34; N＆＃34;，＆＃34; CA＆＃34;或者＆＃34; C＆＃34;

XDocument xmlDocument = XDocument.Load (@"...\ProjectC#\Molecule_00\PDBLibary_00\Data\1L2Y.xml");
XDocument result = new XDocument (
                       new XElement ("Molecule",
                           new XElement ("Atom",
            from s in xmlDocument.Descendants ("PDBx:atom_site")
            where s.Attribute ("PDBx:auth_atom_id").Value == "N" // s.Attribute ("PDBx:auth_atom_id").Value == "CA" || s.Attribute ("PDBx:auth_atom_id").Value == "C"
            select new XElement ("Atom",
                    new XElement ("AtMolType", s.Element ("PDBx:auth_atom_id").Value),
                    new XElement ("CoordX", s.Element ("PDBx:Cartn_x").Value),
                    new XElement ("CoordY", s.Element ("PDBx:Cartn_y").Value),
                    new XElement ("CoordZ", s.Element ("PDBx:Cartn_z").Value)))));

result.Save(@"...\PDBLibary_00\Data\_1L2Y.xml");

当我运行脚本时，它返回一个System.XML.XMLException（字符＆＃34;：＆＃34;无法使用。但它是如何构造XML文件的。我试图改变XML文件中的字符，但没有成功。

Answer 1

你误解了一个看起来像这样的元素的含义：

<PDBx:atom_siteCategory>

这是一个在名称空间中具有本地名称atom_siteCategory的元素，其URI为"http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v40.xsd"，如前所述：

xmlns:PDBx="http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v40.xsd"

LINQ to XML具有出色的命名空间支持，因此您只需使用：

XNamespace pdbx = "http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v40.xsd";

然后在您的查询中使用：

new XElement("AtMolType", s.Element(pdbx + "auth_atom_id").Value),
new XElement("CoordX", s.Element(pdbx + "Cartn_x").Value),
new XElement("CoordY", s.Element(pdbx + "Cartn_y").Value),
new XElement("CoordZ", s.Element(pdbx + "Cartn_z").Value)))));

（同样适用于Descendants等）。

C＃import XML文件字符错误

1 个答案: