在循环中运行时，多个shuffle命令会生成相同的顺序

Question

我正在尝试使用biosquid中的命令shuffle来重新播放一些fasta文件。我写了一个简单的for loop，因为我想创建几个随机序列。这是代码

for i in {1..15}; do eval "shuffle -w 10 rs11979110.fasta > "$i"_rs11979110.rand"; done

我也试过

for i in {1..15}; do `shuffle -w 10 rs11979110.fasta > "$i"_rs11979110.rand`; done

但我的15个随机fasta文件有些完全相同。但是当我在控制台中运行命令15次时，输出每次都完全不同（这是我所期望的）。任何帮助都会非常感激，我知道这是一个愚蠢的问题，但我是bash脚本的新手

由于

Answer 1

如果您每秒运行--seed次，则需要使用shuffle选项提供随机数种子。

默认情况下，time(0)使用$RANDOM（注1）为随机数生成器播种，这意味着如果您在同一秒内运行两次，它将使用相同的种子并且您将使用相同的种子。我会得到相同的输出。

一个简单的解决方案是使用bash的shuffle --seed=$((RANDOM*32768 + RANDOM)) -w 10 ... 变量，它将在每次调用时生成一个新值。不幸的是，这些值在很小的范围内，因此您可能希望使用以下内容：

for i in {1..15}; do
  shuffle --seed=$((RANDOM*32768 + RANDOM)) -w 10 rs11979110.fasta > "$i"_rs11979110.rand
done

此外，不需要eval或backtics。这样就足够了：

srand(time(NULL))

注意：

1. 如果您正在阅读此答案并负责需要随机数的命令行工具，这正是您不应复制并粘贴经典/dev/random行的原因。使用真实的随机种子，例如从HTMLElement读取几个字节。

Answer 2

你的for循环是正确的，应该给出你期望的结果恕我直言。您可以使用--seed选项使shuffle在每次迭代时使用不同的种子。并且您不需要eval也不需要反引号：

for i in {1..15}; do shuffle -w 10 --seed ${i} rs11979110.fasta > ${i}_rs11979110.rand; done

我不知道shuffle如何生成它的种子，但它在for循环的执行中保持不变。