Question

对于lmer模型的置信区间，

NA正在发生？我怎么能摆脱它？

simfun <- function(J,n_j,g00,g10,g01,g11,sig2_0,sig01,sig2_1){
     N <- sum(rep(n_j,J))  

     x <- rnorm(N)         
     z <- rnorm(J)         

     mu <- c(0,0)
     sig <- matrix(c(sig2_0,sig01,sig01,sig2_1),ncol=2)
     u   <- rmvnorm(J,mean=mu,sigma=sig)

     b_0j <- g00 + g01*z + u[,1]
     b_1j <- g10 + g11*z + u[,2]

      y <- rep(b_0j,each=n_j)+rep(b_1j,each=n_j)*x + rnorm(N,0,sqrt(0.5))
     sim_data <- data.frame(Y=y,X=x,Z=rep(z,each=n_j),group=rep(1:J,each=n_j))

  } 


noncoverage <- function(J,n_j,g00,g10,g01,g11,sig2_0,sig01,sig2_1){
    dat <- simfun(J,n_j,g00,g10,g01,g11,sig2_0,sig01,sig2_1)
    fit <- lmer(Y~X+Z+X:Z+(X||group),data=dat,control=lmerControl(optCtrl=list(maxfun=20000)))

   ci=confint.merMod(fit,oldName=FALSE,c("sd_(Intercept)|group","sd_X|group","sigma"))

    ci.u0 = as.numeric(ci[1,])
    nc.u0 = ifelse((ci.u0[1]<sqrt(sig2_0) & ci.u0[2]>sqrt(sig2_0)),0,1)

    ci.u1 = as.numeric(ci[2,])
    nc.u1 = ifelse((ci.u1[1]<sqrt(sig2_1) & ci.u1[2]>sqrt(sig2_1)),0,1)

    ci.e = as.numeric(ci[3,])
    nc.e = ifelse((ci.e[1]<sqrt(0.5) & ci.e[2]>sqrt(0.5)),0,1)

    nc = data.frame(nc.u0=nc.u0,nc.u1=nc.u1,nc.e=nc.e)

  }

 fit <- replicate(10,noncoverage(10,5,1,.3,.3,.3,(1/18),0,(1/18)))

 fit
, , 1

  nc.u0 nc.u1 nc.e
 1 0     0     0   

 , , 2

  nc.u0 nc.u1 nc.e
 1 0     0     0   

 , , 3

 nc.u0 nc.u1 nc.e
1 1     0     0   

, , 4

 nc.u0 nc.u1 nc.e
1 NA    0     0   

 , , 5

  nc.u0 nc.u1 nc.e
1 0     NA    0   

, , 6

 nc.u0 nc.u1 nc.e
1 1     0     0   

 , , 7

 nc.u0 nc.u1 nc.e
1 0     0     1   

 , , 8

  nc.u0 nc.u1 nc.e
1 0     0     0   

 , , 9

 nc.u0 nc.u1 nc.e
1 0     0     0   

, , 10

 nc.u0 nc.u1 nc.e
1 0     NA    0

Answer 1

此处的问题（已在lme4 ...的开发版本中修复）是使用样条拟合构建似然概要。如果轮廓太平，则样条曲线拟合将失败。在这种情况下，开发版本现在尝试替换线性插值。

simfun <- function(J,n_j,g00,g10,g01,g11,sig2_0,sig01,sig2_1){
    N <- sum(rep(n_j,J))  
    x <- rnorm(N)         
    z <- rnorm(J)         
    mu <- c(0,0)
    sig <- matrix(c(sig2_0,sig01,sig01,sig2_1),ncol=2)
    u   <- MASS::mvrnorm(J,mu=mu,Sigma=sig)
    b_0j <- g00 + g01*z + u[,1]
    b_1j <- g10 + g11*z + u[,2]
    y <- rep(b_0j,each=n_j)+rep(b_1j,each=n_j)*x + rnorm(N,0,sqrt(0.5))
    sim_data <- data.frame(Y=y,X=x,Z=rep(z,each=n_j),
                           group=rep(1:J,each=n_j))
} 
set.seed(102)
dat <- simfun(10,5,1,.3,.3,.3,(1/18),0,(1/18))
library("lme4") ## version 1.1-9
fit <- lmer(Y~X+Z+X:Z+(X||group),data=dat)
pp <- profile(fit,"theta_",quiet=TRUE)  ## warnings
cc <- confint(pp)  ## warning
##            2.5 %    97.5 %
## .sig01 0.0000000 0.2880457
## .sig02 0.0000000 0.5427609
## .sigma 0.5937762 0.8802176

您还应注意这些置信区间are based on ML, not REML, fits ...

产生NA的lmer模型的置信区间

1 个答案: