Question

我在高性能计算系统上运行批处理作业以对齐读取并使用GNU并行来加速我的工作，但是我的工作失败了，原因如下：

parallel：错误：输出不完整。无法附加到缓冲区文件中 $ TMPDIR。磁盘已满吗？ parallel：错误：用$更改$ TMPDIR --tmpdir或使用--compress。

我的工作脚本如下所示：

module load samtools/1.2

export TMPDIR=/scratch/$SLURM_JOBID

cd /data
ls *sam* | parallel "samtools sort –T /scratch/$SLURM_JOBID/{.} -O bam -o {}.bam {}"

有谁知道如何解决这个问题？

Answer 1

您是否尝试过GNU Parallel建议的内容？

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Answer 2

我收到相同的消息“parallel：Error：使用--tmpdir更改$ TMPDIR或使用--compress”

我尝试添加＆＃34; - tmpdir / home / mydirectory＆＃34;到脚本，但是当我看到文件＆＃34; / home / mydirectory /＆＃34;没有创建任何东西，我看到默认目录＆＃34; / tmp /＆＃34;并且仍在该目录中创建临时文件（如/ tmp / pAh6uWuQCg，/ tmp / opjhZCzAX4等）。对我来说，这意味着脚本中的参数“--tmpdir / home / mydirectory”不起作用。

在我的情况下，我运行我的应用程序的脚本隔离并检查日志，并意识到我的应用程序有错误，因为日志显示错误消息，它填写文件＆＃34; / tmp /＆＃ 34;

也许我的经历会帮助你

在并行处理中更改$ TMPDIR

2 个答案: