标准化样本大小以重新估计Fst

时间:2015-07-30 17:41:22

标签: r resampling fst

我是R的新手,所以请耐心等待。

我有一个物种的4个种群(一列中弹出),具有不同的样本量。为每个个体(每行)分析了mitDNA单倍型(在另一个专栏中),我现在需要标准化所有种群的样本量并估计FST。我认为这可以简单地通过一些重复采样方法来完成,以便在人群中获得随机子样本,但是我不确定这样做的正确方法是什么。

另外,我从来没有估计过R中的Fst。有没有办法在类似于下面的表中获得输出?或者直接在R中的包中直接应用子采样的结果,这可能在此之后估计Fst程序

df <- read.table(text="pop  hap
1   A
1   A
1   B
1   B
1   B
1   C
1   D
2   F
2   F
2   A
2   A
2   B
2   E
3   A
3   A
3   B
3   D
4   A
4   A
4   A
4   B
4   B", header=TRUE)

希望我能说清楚。

非常感谢,提前。

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