我在Java中有一个GitHub项目，具有正常的文件结构：
src/
src/main.java
src/com/myproject/MyClass.java
bin/
我有一个Makefile;但我添加了一个具有自己结构的Git子模块，在我的项目中它看起来如下：
submodule/
submodule/src/
submodule/src/com/project/HelperClass.java
我的问题是编译/拥有不同目录结构的多个项目一起工作的常规做法是什么？我应该将src/com/project/目录复制到我的目录结构中吗？