线性混合模型:kronecker积协方差矩阵

时间:2015-07-30 02:07:42

标签: r mixed-models nlme

我们以Pixel数据集为例。

Grouped Data: pixel ~ day | Dog/Side
    Dog Side day  pixel
1     1    R   0 1045.8
2     1    R   1 1044.5
3     1    R   2 1042.9

pixel是回复。 Dog有10个级别。 Side有2个等级。 day有9个级别。 我想拟合一个模型,其中协方差矩阵是10x10身份Dog矩阵,2x2身份Side矩阵,9x9 AR1 day矩阵之间的直接(kronecker)乘积。

所以它应该像

lme(pixel~1,corr=corAR1(form~1|Dog/Side),weights=varIdent(form=~1|Dog*Side),data=Pixel)

但是我在Dog一词中Sidecorr之间有一个嵌套结构。虽然这对于此数据集是正确的,但我希望它通常可以跨越Dog:Side。此外,我不确定使用corr内部的直接产品将不同的组件weightslme组合在一起。

P.S。我知道这个数据集不平衡,因此并非所有10x2x9 = 180种组合都存在。但我仍然需要一般的直接产品结构,或许可以根据缺失的水平进行适当调整。

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