ggplot2：geom_bar with group，position_dodge和fill

Question

我正在尝试生成一个条形图，使得x轴是患者，每个患者都有多个样本。例如（使用mtcars数据作为数据外观的模板）：

library("ggplot2")
ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), group = factor(gear))) +
   geom_bar(position = position_dodge(width = 0.8), binwidth = 25) +
   xlab("Patient") +
   ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

这会产生这样的结果：

每个条形图代表每个患者的样本。

我想通过使用颜色填充条形图（例如每个患者样本中的不同类型的突变）来添加关于每个患者样本的额外信息。我以为我可以像这样指定fill参数：

ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), group = factor(gear), fill = factor(vs))) +
   geom_bar(position = position_dodge(width = 0.8), binwidth = 25) +
   xlab("Patient") +
   ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

但是这不会为每个患者样本条形图产生“堆积条形图”。我假设这是因为position_dodge（）已设置。反正有没有绕过这个？基本上，我想要的是：

ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), fill = factor(vs))) +
   geom_bar() +
   xlab("Patient") +
   ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

但是我列出的第一个图中有这些颜色。这可能与ggplot2一起使用吗？

Answer 1

我认为facets是你最接近你想要的东西：

ggplot(mtcars, aes(x = factor(gear), fill = factor(vs))) +
    geom_bar(position = position_dodge(width = 0.8), binwidth = 25) +
    xlab("Patient") +
    ylab("Number of Mutations per Patient Sample") +
    facet_wrap(~cyl)

我在ggplot2的问题跟踪器中找不到任何相关内容。

Answer 2

我已经通过按照我喜欢的顺序将多个geom_cols按层叠在一起来破解了几次。例如，代码

    ggplot(data, aes(x=cert, y=pct, fill=Party, group=Treatment, shape=Treatment)) +
      geom_col(aes(x=cert, y=1), position=position_dodge(width=.9), fill="gray90") +
      geom_col(position=position_dodge(width=.9)) +
      scale_fill_manual(values=c("gray90", "gray60"))

允许我制作您无需刻面的功能。请注意我如何将背景图层的y值设置为1.要添加更多图层，您可以累计对变量求和。

情节图片：

Answer 3

如果我正确理解了您的问题，您希望将aes（）传入您的geom_bar图层。这将允许您传递填充美学。然后，您可以将条形图设置为“闪避”或“填充”，具体取决于您希望如何显示数据。

这里列出了一个简短的例子：

   ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), fill = factor(vs))) +
      geom_bar(aes(fill = factor(vs)), position = "dodge", binwidth = 25) +
      xlab("Patient") +
      ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

得到的情节：http://imgur.com/ApUJ4p2（抱歉S / O不允许我发布图片）

希望有所帮助！

Answer 4

我想，我在这篇文章中的回答将帮助您构建每个患者多个堆叠竖条的图表......

Layered axes in ggplot?