修改circos图像的最简洁方法

Question

我想就以下方面提出一些建议： 我用circos（dna数据）创建了一个图像。我想通过在图中间绘制基因名称来注释这些数据，并用箭头显示第一个基因的起始位置。 （此处的示例输出文件：http://www.nature.com/ncomms/2015/150122/ncomms6973/images/ncomms6973-f3.jpg）

这是管道的一部分，因此需要创建数千个图像。这听起来像基本功能，但有没有可用的软件（在开放许可下）这样做？

我认为最好的方法是在'some'包中加载图像，并使用生成的图像作为画布来绘制其他内容。

有人可以提供关于如何做这样的事情的任何提示吗？ 我试过谷歌搜索，但这个问题似乎广泛用于谷歌搜索。

除了circos，我正在使用matplotlib和reportlab，所以我希望其中一个可行。

我理解这不是一个'纯粹的'编程问题（在3 ... 2 .. 1中投票）。

编辑：我想绘制两件事。 1）图像中心的文本。 2）在圆圈中间指向右侧的弯曲箭头。

Answer 1

可以通过创建极坐标子图，然后使用ax.bar方法生成此类图像：http://matplotlib.org/examples/pie_and_polar_charts/polar_bar_demo.html

通过调整它，你可以做类似的事情：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt


N = 40
theta = np.linspace(0.0, 2 * np.pi, N, endpoint=False)
radii = np.random.uniform(-20,20,N)
width = 2*np.pi / N

ax = plt.subplot(111, polar=True)
ax.grid(False)
bars1 = ax.bar(theta, radii, width=width, bottom=40.0) 
bars2 = ax.bar(theta, radii, width=width, bottom=100.0)


# Use custom colors and opacity
for r, bar in zip(radii, bars1):
    bar.set_facecolor( 'r' if r>0 else 'g' )
    bar.set_alpha(0.5)

plt.show()

fig.savefig("figure_1.png")

matplotlib gallery中提供了很多示例： http://matplotlib.org/gallery.html

现在，如果你真的拥有那么多复杂的图像，matplotlib可能很难实现快速图形计算。

但是您保存了这些图像，您可以加载它们并处理它们。这可能会更快：

例如，我将前一个保存为png，然后我可以使用scipy.misc.imread加载它（请注意，这可以使用任何jpeg / png / etc ..图像，甚至一个不能从matplotlib生成），绘制它使用imshow，然后使用通常的plot绘制它，您只需要注意使用正确的坐标：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.misc

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
ax.grid(False)
img = scipy.misc.imread("figure_1.png")
ax.imshow(img)

ax.plot([400,500],[300,200],'k', linewidth=4)

plt.show()

Answer 2

我喜欢你最干净的方式＆＃34; - 最好的方法是：

• 自行修改SVG文件

Circos的输出文件是SVG或png。所以我们选择SVG。

1. 在中心添加文字：只需在svg文件中添加文字标签，如下所示：

     

   <text x="1500" y="1500">Here is your text in center</text>

2. 按路径和文字路径绘制

   路径是svg的强大功能。您可以访问https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/SVG/Element/textPath了解详情。