管道破裂返回

Question

新手提问;

我有以下两个函数 - 第一个，＆＃39; read_fq_entry＆＃39;，从subprocess.Popen（系统调用zcat并管道它）读取行，并一次返回四行作为列表。 / p>

第二个＆＃39; stream_fq＆＃39;从第一个输出返回的输出，并暂时打印它。 （最终我会抽取随机的行集并将它们写入文件。

问题是第一个函数的返回打破了管道 - 关于如何不执行此操作的任何想法？

 def read_fq_entry( process ):

        while ( True ):
            name   = process.stdout.readline()       
            seq    = process.stdout.readline()
            strand = process.stdout.readline()
            qual   = process.stdout.readline()

            if ( not name or name == '') :
                return []

            return [name, seq, strand, qual]


 def stream_fq(infile1, infile2, Nr_of_reads):


        proc1 = subprocess.Popen("zcat " + infile1, stdout=subprocess.PIPE, shell=True)
        proc2 = subprocess.Popen("zcat " + infile2, stdout=subprocess.PIPE, shell=True)

        while ( True ):

            fq_1_entry = read_fq_entry(proc1)
            fq_2_entry = read_fq_entry(proc2)
            print fq_1_entry
            print fq_2_entry

Answer 1

行return [name, seq, strand, qual]位于while True:循环内。您应该将其向上移动一级， 或 可能会将return语句更改为yield语句。