Question

我试图将gnu与一些基本的生物信息学工具并行使用，例如： LASTZ。所以说我有10个seqs，我想在所有这些上使用lastz，我使用：

parallel --dryrun lastz 'pathToFile/seq{}.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq{}' ::: {1..10}

哪个工作正常并返回：

lastz pathToFile/seq1.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq1
lastz pathToFile/seq2.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq2
lastz pathToFile/seq3.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq3
...
lastz pathToFile/seq10.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq10

但理想情况下，我希望此步骤成为bash脚本的一部分，该脚本需要三个命令行参数，因此seqs的数量（例如1到10）在命令行中给出（$ 2 = startValue，$ 3 = endValue）。我认为将其更改为可行：

parallel --dryrun lastz 'pathToFile/seq{}.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq{}' ::: {"$2".."$3"}

但是，返回

lastz pathToFile//seq\{\1..\10\} query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq\{\1..\10\}

有谁能告诉我我在这里做错了什么？看起来它将2美元解释为1，将3美元解释为10，但后来却没有将其视为一系列数字......

Answer 1

Bash范围不接受变量，请参阅以下文章：

How do I iterate over a range of numbers defined by variables in Bash?

因此，我建议你将{$ 1 .. $ 2}更改为$（seq $ 1 $ 2）。

例如，请参阅此测试脚本：

$ cat foo
parallel echo ::: {1..3}
parallel echo ::: {$1..$2}
parallel echo ::: $(seq $1 $2)

当被称为./foo 1 3时，它产生以下输出：

1
2
3
{1..3}
1
2
3

Answer 2

这不是你要问的，但它可能是一个更好的解决方案：

parallel --dryrun lastz {} query.fasta --format=text '>' LASTZ_results_{/.} ::: pathToFile/seq*.fa

如果您Argument list too long尝试：

printf '%s\n' pathToFile/seq*.fa | parallel --dryrun lastz {} query.fasta --format=text '>' LASTZ_results_{/.}

这样你就不需要提前知道有多少seq * .fa。

如何在命令行参数给出的一系列数字上使用gnu parallel

2 个答案: