我从命令行通过以下方式运行降价报告:
R -e "rmarkdown::render('ReportUSV1.Rmd')"
此报告在R studio中完成,顶部看起来像
---
title: "My Title"
author: "My Name"
date: "July 14, 2015"
output:
html_document:
css: ./css/customStyles.css
---
```{r, echo=FALSE, message=FALSE}
load(path\to\my\data)
```
我想要的是能够将标题和文件路径一起传递到shell命令中,以便它生成原始报告,结果是不同的filename.html。
谢谢!
答案 0 :(得分:15)
有几种方法可以做到。
您可以在YAML中使用反引号-R块并在执行渲染之前指定变量:
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title: "`r thetitle`"
author: "`r theauthor`"
date: "July 14, 2015"
---
foo bar.
然后:
R -e "thetitle='My title'; theauthor='me'; rmarkdown::render('test.rmd')"
或者您可以直接在RMD中使用commandArgs()
并在--args
之后将其输入:
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title: "`r commandArgs(trailingOnly=T)[1]`"
author: "`r commandArgs(trailingOnly=T)[2]`"
date: "July 14, 2015"
---
foo bar.
然后:
R -e "rmarkdown::render('test.rmd')" --args "thetitle" "me"
如果你命名为args R -e ... --args --name='the title'
,那么你的commandArgs(trailingOnly=T)[1]
就是字符串“--name = foo” - 它不是很聪明。
在任何一种情况下,我猜你都想要某种错误检查/默认检查。我通常会编写一个编译脚本,例如
# compile.r
args <- commandArgs(trailingOnly=T)
# do some sort of processing/error checking
# e.g. you could investigate the optparse/getopt packages which
# allow for much more sophisticated arguments e.g. named ones.
thetitle <- ...
theauthor <- ...
rmarkdown::render('test.rmd')
然后运行R compile.r --args ...
以我编写脚本要处理的格式提供参数。