bin中间ggplot中的错误栏

Question

我正在尝试在ggplot中制作条形图，每个bin有2个值（来自RNA-Seq和qPCR实验的倍数变化值）：

Gene    FC  expt    se
a   1.02    RNA-Seq 0
b   2.79    RNA-Seq 0
c   1.63    RNA-Seq 0
d   0.84    RNA-Seq 0
e   0.81    RNA-Seq 0
f   1.45    RNA-Seq 0
g   1.27    RNA-Seq 0
h   1.72    RNA-Seq 0
i   2.52    RNA-Seq 0
a   0.84    qPCR    0.16
b   1.92    qPCR    0.15
c   1.14    qPCR    0.78
d   0.47    qPCR    0.76
e   0.95    qPCR    0.26
f   0.32    qPCR    0.51
g   0.92    qPCR    0.39
h   0.97    qPCR    0.61
i   1.73    qPCR    0.77

我的RNA-Seq值没有误差条。因此，我想绘制条形图：

• 仅向上扩展的错误栏
• 仅针对q-PCR柱的误差条

我不确定我的代码（或输入格式）出错了：

df <- read.table("stack.txt", header=TRUE)
limits <- aes(ymax = FC + se, ymin = FC)
dodge <- position_dodge(width = 0.9)

ggplot(data=df, aes(x=Gene, y=FC)) +
geom_errorbar(limits, position = dodge, width = 0.25) +
geom_bar(aes(fill=expt),colour="black", stat="identity", position = dodge)

产生：

如您所见，误差线位于每个纸槽的中间，而不是每个纸条的上方。任何建议/意见将非常感谢！

Answer 1

将group参数添加到aes后，您将获得所需的结果：

ggplot(data=df, aes(x=Gene, y=FC, fill=expt, group=expt)) +
  geom_bar(colour="black", stat="identity", position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_errorbar(aes(ymax = FC + se, ymin = FC, group=expt),
                position = position_dodge(width = 0.9), width = 0.25)

这给出了：