使用igraph package生成树作为图的子类是R中事实上的标准。
包ggtree在树形可视化方面非常通用。它seems一些绘图功能超出了igraph的能力范围。
这导致了一个问题：
有没有办法使用igraph包生成的有效树形图对象（例如下面的示例）作为ggtree的可视化的输入？
library(igraph)
g <- graph.tree(20, 2)
答案 0 :(得分：3)
这是一个好主意。
ggtree专为系统发育分析而设计。某些功能可能无法直接应用于其他对象，如igraph。要使支持更加平滑，可以将igraph对象转换为phylo对象。因此，转换后，可以使用ggtree对其进行可视化，并支持所有功能。
转换的问题是igraph允许在播放的例子中单身，而不允许，因为它在进化中毫无意义。
我会考虑在将来的版本中开发转换功能。
G Yu ，DK Smith，H Zhu，Y Guan，TTY Lam * 。 ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data。 生态和进化方法 。 doi:10.1111/2041-210X.12628