Question

当我尝试使用此代码保存使用ggplot作为pdf制作的绘图时：

library(ggplot2)

file = "/data/mda/20150630-1Mb-full_comparison-low_depth_hTERT/result/comparison_figure/SD_rank_custom.csv"
figure_file = "/data/mda/20150604-1Mb-full_comparison-low_depth_hTERT/result/comparison_figure/SD_rank_custom.pdf"

sd_data <- as.data.frame(read.csv(file, header=TRUE))

# generate box plot
ggplot(
    data=sd_data,
    aes(
        x=Experiment, 
        y=SD
    )
)+  
theme_bw() + #use bw theme
geom_boxplot(outlier.shape = NA) + #hide outlier points
geom_jitter() + 
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1))   

ggsave(
  filename=figure_file,
  width=10,
  height=10
)

我收到以下错误：

grDevices :: pdf（...，version = version）中的错误：

无法打开文件＆＃39; file.pdf＆＃39;

通话：ggsave - ＆gt;设备 - ＆gt;

执行暂停

我认为我的R版本最近更新为3.2.0，并且我已经确认它在v3.1.1中工作正常，因此我假设这与版本相关。我还确认我可以将csv文件写入目录。

任何想法如何解决这个问题？

Answer 1

我认为你正在尝试写一个不存在的文件夹，据我所知，grDevices不会允许这样做。 Someone else似乎有类似的问题。

我在R 3.1.1和3.2.1中都尝试了你的代码 - 它们都给出了相同的错误（除非事先创建了目录。

您可以尝试添加以下代码行：

dir.create(file.path(dirname(figure_file)))

它将为您创建目录。

Answer 2

我也一样，原来我已经在该目录中保存了一个同名的对象，显然没有被覆盖。

Answer 3

当我的文件名太长时，我遇到了同样的错误 - 因此 Windows 中的路径名超出了允许的字母限制。缩短文件名解决了这个问题。

Answer 4

Error in grDevices::pdf的原因之一是写权限。适当的写权限应该可以解决此问题。 -chmod 777 -R dirname

Answer 5

T面临相同的问题，并发现here（）没有指向R脚本文件所在的正确目录。解决方案是，要么尝试将here（）指向正确的目录，要么关闭\退出R studio并直接在R studio中打开脚本，即直接打开R studio，然后here（）将自动指向同一目录关于脚本的内容。

Answer 6

我在运行for循环以创建许多包含图表的pdf文件时遇到了这个错误。

对我来说，当我简单地关闭了先前打开的一个pdf文件以检查输出时，该错误已解决。 R抛出错误是因为我打开了文件，所以它不能覆盖它。这是造成此错误的另一个可能原因。

R错误保存ggplot pdf

6 个答案: