使用Ctypes在Python中加载编译的Matlab共享库

Question

我正在尝试在Python中进行不完整的Cholesky分解，但我找不到直接的Python包。

由于我在网上找到的最常用代码是用Matlab编写的，我想绕道而行

• 将matlab代码编译为共享库（我使用的是Mac OS和MATLAB_R2014a，因此它应该生成.dylib文件）
• 使用Ctypes
在Python中加载库

以下列出了详细步骤：

0。下载Matlab源代码

该代码可以从F. Bach的网页link to zip file下载，其中包含以下文件：

panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m            csi.dll             csi.mexglx          csi_gaussian.dll    csi_gaussian.mexglx readme.txt
csi.c               csi.m               csi_gaussian.c      csi_gaussian.m      demo_csi.m          sqdist.m

1。将matlab代码编译为共享库

然后按照this post，运行命令：

mcc -v -W cpplib:libcsi -T link:lib csi

大约一分钟后，终端打印MEX completed successfully，在我的文件夹中有

panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m             csi.m                csi_gaussian.dll     demo_csi.m           libcsi.exports       readme.txt
csi.c                csi.mexglx           csi_gaussian.m       libcsi.cpp           libcsi.h             sqdist.m
csi.dll              csi_gaussian.c       csi_gaussian.mexglx  libcsi.dylib         mccExcludedFiles.log

其中libcsi.dylib是我想要的共享库。

2。在Python中加载库

然后我打开IPython并尝试加载库：

In [1]: import ctypes

In [2]: ctypes.C
ctypes.CDLL       ctypes.CFUNCTYPE

In [2]: ctypes.CDLL('libcsi.dylib')
---------------------------------------------------------------------------
OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-b6d0c1a91651> in <module>()
----> 1 ctypes.CDLL('libcsi.dylib')

/Users/panc25/anaconda/lib/python2.7/ctypes/__init__.pyc in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
    363
    364         if handle is None:
--> 365             self._handle = _dlopen(self._name, mode)
    366         else:
    367             self._handle = handle

OSError: dlopen(libcsi.dylib, 6): Library not loaded: @rpath/libmwmclmcrrt.8.3.dylib
  Referenced from: /Users/panc25/Downloads/csi-1.0/libcsi.dylib
  Reason: image not found

即使我使用完整路径替换ctypes.CDLL('libcsi.dylib')中的文件名，此问题仍然存在。

所以我很困惑。共享库在那里，但是为什么Python说＆＃34;图像未找到＆＃34;？

顺便说一句

源代码也通过mex.h提供C实现，我还尝试首先创建一个.mex文件，然后将.mex编译为共享库，如下所示：

panc:csi-1.0 panc25$ mex csi.c

创建了csi.mexmaci64文件。然后根据this link，我打电话给：

panc:csi-1.0 panc25$ mcc -B csharedlib:csi2 csi.mexmaci64

生成csi2.dylib个文件。

但是当我尝试在Python中加载它时，我遇到了同样的错误。

有人能让我知道出了什么问题吗？

Answer 1

我会完全避免使用Matlab，而是使用PyMC2中可用的不完全Cholesky分解：

from pymc.gp.incomplete_chol import ichol_full

可以找到f2py包装的Fortran代码，它实际上是从MEX文件改编而来的here。因此，如果需要，您可以独立于PyMC2使用它。

如果您有兴趣，也可以建议将此功能添加到scipy（请参阅此githib issue）。