Question

我有以下shell脚本。

#!/bin/bash --login

#BSUB -q q_ab_mpc_work
#BSUB -J psipred
#BSUB -W 01:00
#BSUB -n 64
#BSUB -o psipred.out
#BSUB -e psipred.err
module load compiler/gnu-4.8.0
module load R/3.0.1
export OMP_NUM_THREADS=4

code=${HOME}/Phd/script_dev/rfpipeline.sh
MYPATH=$HOME/Phd/script_dev/
cd ${MYPATH}
${code} myfile.txt

我可以使用bsub将程序提交到集群：

bsub < myprogram.sh

然而，我将程序中的最后一行更改为：

${code} $1

我使用命令行参数指定文件，如何将其传递给bsub？

我试过了：

bsub < myprogram.sh myfile.text

但是bsub不接受myfile.text作为bash参数。

我也试过

bsub <<< myprogram.sh myfile.text
./myprogram.sh myfile.text | bsub
bsub "sh ./myprogram.sh myfile.text"

我需要做什么？

Answer 1

这个答案可以解决您的问题：

https://unix.stackexchange.com/questions/144518/pass-argument-to-script-then-redirect-script-as-input-to-bsub

只需在bsub命令的末尾传递带有参数的脚本。

实施例。 example.sh

#!/bin/bash export input=${1} echo "arg input: ${input}"

bsub命令：

bsub [bsub args] "path/to/example.sh arg1"

Answer 2

我可以回答我自己的问题吗？

似乎我可以使用sed来动态修改文件。我的原始文件现在是：

#!/bin/bash --login

#BSUB -q q_ab_mpc_work
#BSUB -J psipred
#BSUB -W 01:00
#BSUB -n 64
#BSUB -o psipred.out
#BSUB -e psipred.err
module load compiler/gnu-4.8.0
module load R/3.0.1
export OMP_NUM_THREADS=4

code=${HOME}/Phd/script_dev/rfpipeline.sh
MYPATH=$HOME/Phd/script_dev/
cd ${MYPATH}
${code} myfile

我编写了一个bash脚本sender.sh，用命令行参数修改变量myfile，并将修改后的文件发送到bsub：

#!/bin/bash
sed "s/myfile/$1/g" < myprogram.sh | bsub

小心使用双引号，以便bash不会从字面上读取$。然后，我只需运行./sender.sh jobfile.txt即可！

希望这有助于任何人。

通过bsub提交时包含bash脚本参数

2 个答案: