Question

我有大量的文件都是编号并且是从CTD演员中标记的。这些文件都包含3列，用于烧制瓶号，深度和电导率，以及3行，每个烧瓶用一个水瓶。

1,68.93,0.2123
2,14.28,0.3139
3,8.683,0.3547

这些文件以演员编号命名，＆＃34; OS1505xxx.csv＆＃34;，其中xxx是演员编号。我想从多个演员表中获取数据，使用演员编号标记数据（我假设每个瓶子样本将在另一列中进行标记），然后将这些数据合并到一个数据帧中。

1,68.93,0.2123,001
2,14.28,0.3139,001
3,8.683,0.3547,001
1,109.5,0.2062,002
2,27.98,0.4842,002
3,5.277,0.3705,002

另外一件事，一些文件只有1或2瓶被烧，而其他文件也有4瓶被开除。我尝试查找只有3行的文件，并重复三次重复文件名列表，然后将其与三行中绑定的csv文件合并到一个数据帧中，但我对R很新，并且无法理解它出。任何帮助表示赞赏。

Answer 1

试试这个：

files <- list.files(pattern="OS1505")
lst <- lapply(files, read.csv)
ids <- substr(files, 7,9)
for(i in 1:length(lst)) lst[[i]][,4] <- ids[i]
do.call(rbind, lst)
#  X V1      V2  V3
#1 1  1  68.930 001
#2 2  2  14.280 001
#3 3  3   8.683 001
#4 1  1 109.500 002
#5 2  2  27.980 002
#6 3  3   5.277 002

我们首先创建两个虚拟文件，尝试将它们保存为csv文件进行测试。我以一种匹配你文件的方式命名它们。（即＆＃34; OS1505001.csv＆＃34;）：

file1 <- read.table(text="
1,68.93,0.2123
2,14.28,0.3139
3,8.683,0.3547", sep=',')
file2 <- read.table(text="
1,109.5,0.2062
2,27.98,0.4842
3,5.277,0.3705", sep=',')

write.csv(file1, "OS1505001.csv")
write.csv(file2, "OS1505002.csv")

通过代码，files检查目录中是否有OS1505个文件。有两个文件与该说明"OS1505001.csv" "OS1505002.csv"匹配。我们将这两个文件带到read.csv的R中。它包含在lapply中，以便该过程可以立即发生在files向量中的所有文件中，并保存在名为lst的列表中。现在ids是一种从文件名中获取id号的方法。在for循环中，我们将每个id分配给数据帧的第4列。最后，do.call将所有内容与rbind函数结合在一起。

Answer 2

这将按顺序（001-100）将它们全部放入一个数据框中，然后您可以根据需要将其导出。

df <- data.frame(matrix(ncol = 4, nrow = 1))
colnames(df) <- c("V1", "V2", "V3", "file")
for(i in 1:100) {
    file_name <- paste("OS1505",as.name(sprintf("%03d", i)),".csv",sep="")
    if(file.exists(file_name)) {
        print("match found")
        df_tmp <- read.csv(file_name, header = FALSE, sep = ",",fill = TRUE)
        df_tmp$file <- sprintf("%03d", i)
        df <- rbind(df, df_tmp)
    }

}

使用R列出并标记多个csv文件，其中包含这些文件标题中的字符，并将它们放在数据框

2 个答案: