PyMol：通过Python

Question

我正在使用Pymol加载pdb文件以进行分子表示。使用PyMol python库我将创建柱面作为cgo（编译图形）对象。

示例代码如下：

import pymol
from pymol.cgo import *
import sys

pymol.pymol_argv = ['pymol', ''] + sys.argv[1:]
pymol.finish_launching()

pymol.cmd.load('1V6R.pdb')   # This is a pdb protein file.

cyl = [CYLINDER,x1,y1,z1,x2,y2,z2,radius,r1,g1,b1,r2,g2,b2]

pymol.cmd.load_cgo(cyl, 'cylinder')

pymol.cmd.hide(representation='everything', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0])

pymol.cmd.show(representation='ribbon', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0]))

pymol.cmd.orient()

运行此python脚本后，PyMol将以此表示形式打开：

在上图中，蛋白质色带（绿色）从pdb文件加载，圆柱体（白色）是cgo柱面对象。

我想要的是能够在表示中添加虚线的脚本，但对于虚线来说似乎不是cgo。在最糟糕的情况下，我可以看到必须在相同的“射线”上编写一堆圆柱体。并称之为虚线，但我显然更喜欢一种更简单的方法。

有没有办法使用PyMol python脚本来表示虚线？

Answer 1

我认为你想要的是使用distance命令