Question

我使用LDAvis进行主题建模，并尝试使用as.gist选项来创建要点。当serVis执行时，curl :: curl_fetch_memory在大约10秒后出现超时。如果我再次立即执行serVis，我会得到一个不同的错误＆＃39;解析JSON的问题＆＃39;从那时起，每当运行serVis时，都会再次出现相同的错误。

如果我重新开始使用新的工作区，则会出现相同的行为。第一次运行serVis时，curl :: curl_fetch_memory在大约10秒后超时。后续执行会返回解析JSON＆＃39;。

的问题

如果我不使用as.gist选项，它可以正常工作，但当然不能创造一个要点。

很少，它有效并且创造了一个要点。如果我更改参数以减小JSON对象的大小，它通常会起作用，这让我觉得它可能与大小有关。

我已经探索了各种RCurlOptions超时设置。目前，它们被设置为

options(RCurlOptions = list(cainfo = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", 
                                             package = "RCurl"),
                        connecttimeout = 300, timeout = 3000,
                        followlocation = TRUE, dns.cache.timeout = 300))

下面是一个控制台列表，其中包含curl :: curl_fetch_memory上的调试集。

> json <- createJSON(phi            = cases$phi, 
+                    theta          = cases$theta, 
+                    doc.len .... [TRUNCATED] 

> serVis(json, open.browser = TRUE, as.gist = TRUE, description = 'APM Community')
debugging in: curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle)
debug: {
    output <- .Call(R_curl_fetch_memory, url, handle)
    res <- handle_response_data(handle)
    res$content <- output
    res
    }
Browse[2]> output <- .Call(R_curl_fetch_memory, url, handle)
Error: Timeout was reached
Browse[2]> output <- .Call(R_curl_fetch_memory, url, handle)
Browse[2]> rawToChar(output)
[1] "{\"message\":\"Problems parsing     JSON\",\"documentation_url\":\"https://developer.github.com/v3\"}"
Browse[2]> 
.
. 
exiting from: curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle)
Error: Problems parsing JSON

有关如何调试此问题的任何提示？

使用R中的LDAvis包创建结果

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