Question

我编写了一个需要两个参数的python脚本，当我在命令行上运行它时工作正常：

pythonscript.py arg1 arg2

我需要在SLURM批处理脚本中运行它，但每当我这样做时，我都会收到“非法指令”错误和核心转储。这是我正在使用的脚本的一个例子：

#!/bin/bash
# Set your minimum acceptable walltime, format: day-hours:minutes:seconds
#SBATCH --time=0-00:30:00

# Set name of job shown in squeue
#SBATCH --job-name pythonscript

# Request CPU resources
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=1

# Memory usage (MB)
#SBATCH --mem-per-cpu=3000

# Use modules to set the software environment
module purge
module load python/2.7.8-gcc

pythonscript.py arg1 arg2

我花了很多时间试图找出导致核心转储的确切原因，这就是我将其缩小到的范围。它只会在从批处理脚本运行时崩溃，并且只有在我尝试使用参数运行脚本时才会崩溃。当我修改它以不带参数运行时，它运行正常。谁能告诉我如何在SLURM脚本中将这些参数传递给我的python脚本？

Answer 1

这可能看起来像一个愚蠢的问题，但是pythonscript.py可执行文件？

你还试过吗

python pythonscript.py arg1 arg2

或者，您可以更改

#!/bin/bash

到

#!/bin/python

或您要使用的python版本的相应路径。

Answer 2

问题是我的工作被发送到的节点。我设法使用以下命令检查我的作业在哪个节点上运行而没有错误：

sacct --format=JobID,"AllocCPUS,Node,JobName%20,MaxVMSize,MaxRSS,ReqMem,Start,End"

我确定了正确的节点，然后使用以下命令切换到我的.sh中：

#SBATCH -w, --nodelist=compute124

Answer 3

我使用以下内容，并且可以添加任意数量的参数。

#!/bin/bash
#SBATCH --cpus-per-task=1        # number of cores

cd $SLURM_SUBMIT_DIR
pwd

python $SLURM_SUBMIT_DIR/python.py HumptyDumpty.txt newhumpty.txt ad.txt

将参数传递给SLURM批处理脚本中的python脚本

3 个答案: