Question

我在Windows 7和我的一个Python项目中进行编程，我需要调用bedtools，这只适用于Windows上的Cygwin。我是Cygwin的新手，安装了默认版本+ bedtools所需的一切，然后使用Cygwin按照installation instructions中的描述使用make安装bedtools。

$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz
$ cd BEDTools-<version>
$ make

当我使用Cygwin终端手动调用它时，如下所示，它没有问题，输出文件包含正确的结果。

bedtools_exe_path intersect -a gene_bed_file -b snp_bed_file -wa -wb > output_file

但是当我在我的程序中使用subprocess.call时，它似乎使用的是Windows cmd而不是Cygwin，它不起作用。

arguments = [bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments)

没有输出文件，返回代码为3221225781。

arguments = [bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments, shell=True)

结果为空输出文件，返回代码为3221225781。

cygwin_bash_path = 'D:/Cygwin/bin/bash.exe'
arguments = [cygwin_bash_path, bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments)

没有输出文件，返回代码为126和

D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: cannot execute binary file

arguments = [cygwin_bash_path, bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments, shell=True)

导致空输出文件，返回代码为126和

D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: cannot execute binary file

我有什么想法可以让它发挥作用？

Answer 1

想象一下，您想从Windows运行Linux命令。您可以将Linux安装到VM中并通过ssh（Windows上的Putty / plink）运行命令：

#!/usr/bin/env python
import subprocess

cmd = [r'C:\path\to\plink.exe', '-ssh', 'user@vm_host', '/path/to/bedtools']
with open('output', 'wb', 0) as file:
    subprocess.check_call(cmd, stdout=file)

Cygwin提供run命令，允许直接运行命令：

cmd = [r'C:\cygwin\path\to\run.exe', '-p', '/path/to/', 'bedtools', 
        '-wait', 'arg1', 'arg2']

注意：在这两种情况下都会从Windows运行Python脚本。 bedtools是Linux或Cygwin（非Windows）命令，因此您应该提供POSIX路径。

Answer 2

以下工作没有问题。 "不需要转义。

argument = 'sh -c \"' + bedtools_exe_path + ' intersect -a ' + gene_bed_file + 
           ' -b ' + snp_bed_file + ' -wa -wb\"'

with open(output_file, 'w') as file:
    subprocess.call(argument, stdout=file)

使用以下作品：

argument = 'bash -c \"' + bedtools_exe_path + ' intersect -a ' + gene_bed_file + 
           ' -b ' + snp_bed_file + ' -wa -wb\"'

with open(output_file, 'w') as file:
    subprocess.call(argument, stdout=file)

使用：

bedtools_exe_path = 'D:/BEDTools/bin/bedtools.exe'
gene_bed_file = 'output/gene.csv'
snp_bed_file = 'output/snps.csv'
output_file = 'output/intersect_gene_snp.bed'

使用cygwin bash.exe（D:/Cygwin/bin/bash.exe）而不是bash或sh的路径不起作用。

谢谢你，eryksun，Padraic Cunningham和J.F. Sebastian。

subprocess.call在Windows

2 个答案: