Question

我有一个大型数据集，并试图绘制一个PCA。我对最终的情节感到满意，但我想改变一些事情：

箭头：它们似乎在后台并被数据点覆盖。 1）我怎么能前景呢？ 2）我怎样才能改变颜色和喜欢的尺寸？

椭圆： 3）如何使线条更粗？

说明 4）如何放置在剧情本身的右上角？

提前致谢!!

以下是我获得该图表的方式：

g <- ggbiplot(LS_3.pca, choices = 1:2, scale = 1, pc.biplot =
       TRUE, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups =
       LS.loc, ellipse = TRUE, ellipse.prob = 0.98, labels =
       NULL, labels.size = 5, alpha = 0.25, circle
     = FALSE, circle.prob = 0.69, varname.size = 5,
     varname.adjust = 1.5, varname.abbrev = FALSE, var.axes = TRUE)
g <- g + xlim(-8, 6) + ylim(-4, 6)
g <- g + theme_classic()

print(g)

Answer 1

ggbiplot返回类＆＃34; ggplot＆＃34;的对象。如果您检查此对象，您将发现它包含一个名为＆＃34; layers＆＃34;的列表。 geom_segment图层显示在geom_point图层之前。你想重新排序这些。如果geom_segment图层是第2层的第4层，则可以执行（例如）：

myplot$layers <- c(myplot$layers, myplot$layers[[2]])

这将在列表的末尾附加一个额外的图层（绘制箭头），并且在绘制点（在上一图层中）之后绘制该图层。这种黑客足以提供您所需的功能。

编辑：我意识到这个答案只涵盖了将箭头放在前台的问题。这是我遇到的一个问题，所以我在这里提供我的解决方案供其他人使用。为了解决其他问题，我建议在控制台输入：

ggbiplot

没有括号，它将列出函数体。剪切并粘贴到一个新的R脚本中，该脚本定义了一个新函数（例如，＆＃34; my_ggbiplot＆＃34;）并且黑客可以获得你想要的东西。它不是一个很长的功能，很容易弄清楚一切都做了什么。但是，为了使箭头前景化，上面的单行修复将起作用。

Answer 2

我对ggbiplot的限制感到沮丧，因此从函数中复制代码部分以在标准ggplot调用中使用。

# Load data
DATA <- data.frame(iris)

# Do PCA
PCA <- prcomp(iris[,1:4])

# Extract PC axes
PCAvalues <- data.frame(Species = iris$Species, PCA$x)

# Extract loadings of the variables
PCAloadings <- data.frame(Variables = rownames(PCA$rotation), PCA$rotation)

# Calculate the angles and the label offset
PCAloadings$Angle = ((180/pi) * atan(PCAloadings$PC2/PCAloadings$PC1))
PCAloadings$Offset <- ((-2 * sign(PCAloadings$PC1))/2)

# Plot
ggplot(PCAvalues, aes(x = PC1, y = PC2, colour = Species)) +
  stat_ellipse(level = 0.95, size = 2, show.legend = FALSE) +
  geom_point(size = 3) +
  geom_segment(data = PCAloadings, aes(x = 0, y = 0, xend = (PC1), yend = (PC2)),
     arrow = arrow(length = unit(1/2, "picas")), color = "black") +
 geom_text(data = PCAloadings, aes(label = Variables, x = (PC1), y = (PC2)), 
    color = "black", size = 4, angle = PCAloadings$Angle, hjust = 
    PCAloadings$Offset) +
      theme_classic() +
      theme(legend.justification = c(1,1), legend.position = c(1,1))

数目：

Q1。 - 正如@Andrew John Lowe在他的回答中所述，图层按照您输入的顺序生成，因此如果geom_segment行是最后一行，它将显示在顶部。

Q2。 - 使用colour调用中的geom_segment参数更改箭头颜色。更改size调用中标签的字体geom_text。

Q3。 - 再次，更改size来电中的stat_ellipse参数。

Q4。 - theme调用将解决此问题，c(1,1)表示图例中应显示图例的位置，0保留，1是正确的。

这不是完全理想的，因为您必须手动为箭头标签指定PCAloadings$Offset，并且可能需要一些试验和错误来获得所需的距离，甚至需要输入自定义数字到每个标签的数据框。但是，您现在可以像平常一样自由使用剩余的ggplot。

问：ggbiplot _前景箭头;改变箭头颜色

2 个答案: