Question

REF         ALT 
 AT  ATT,A,ATTT

我正在使用上面的数据框，需要将仅包含REF的{{1}}列转换为AT的整数，然后将0列包含{ {1}}进入ALT，我尝试过转换，但似乎无效。

此外，我的完整数据框有多行，因此我需要循环命令以应用于所有行。

非常感谢任何帮助

Answer 1

R中的循环效率非常低，所以如果不是绝对必要的话，我会强烈反对它。在你的情况下，我认为没有必要。

例如，您可以这样做（假设您的数据框名为“df”）：

df$REF<-0 # from what I gather all rows should be 0


df$ALT2<-1 # a proxy column that you can copy to ALT after
df$ALT2[df$ALT == "A"] <-2 # converts A to 2
df$ALT2[df$ALT == "ATTT"] <-3 # converts ATTT to 2

df$ALT<-df$ALT2 # copy proxy over to ALT
df$ALT2<-NULL #erase proxy column

如果您不关心将哪个字符串分配给哪个号码，但您只想让不同的字符串具有不同的整数，您也可以这样做：

df$REF<-0 # from what I gather all rows should be 0
df$ALT <- as.numeric(factor(df$ALT)) # give a distinct number to each distinct string counting up from 1.

Answer 2

将REF列设置为0非常简单。

df$REF <- 0

对于ALT列，我假设每个条目的顺序都很重要，但行是独立的。因此A可以在一行中编号为1但在另一行中编号为2（如果该行中有多个条目）。因此，我们唯一关心的是每行中的替代品数量。我们可以简单地计算它们并生成具有适当数字的向量，将它们折叠成单个字符串以在数据框中形成相应的条目：

df$ALT <- sapply(strsplit(df$ALT, ","), 
    function(alt) paste(1:length(alt), collapse=","))

R将字符串转换为数据帧内的整数

2 个答案: