我正在Linux中运行一个程序，它正在产生一个输出，我想把它输入到另一个程序中。但是，我想只管道符合我标准的行。显然，这可以通过两个步骤实现。但是，由于我在谈论数百万行，所以一步到位就更有效率了。
输出流的格式（如果您熟悉下一代排序，则为sam文件格式）是制表符分隔文本，由两种类型的行组成。一个以“@”字符开头的。例如：
@HD VN：1.0
@SQ SN：ENST00000601705.1 LN：42
@SQ SN：ENST00000602818.1 LN：1099
另一个没有，看起来像这些示例行：
SRR603690.1629913 99 ENST00000440588.2 327 255 76M = 390 139 GCAGATCCTGGACCAGGTTGAGCTGCGCGCAGGCTACCCTCCAGCCATACCCCACAACCTCTCCTGCCTCATGAAC CCCFFFFFHGHHGJIHIHIHIJJJIIF1DGHGIIJIGGHIII @ GIIDHIGHHHDFB ACEDA（5;？@BCCCCCCCA NH：I：20
SRR603690.1629913 99 ENST00000464365.2 2 255 76M = 65 139 GCAGATCCTGGACCAGGTTGAGCTGCGCGCAGGCTACCCTCCAGCCATACCCCACAACCTCTCCTGCCTCATGAAC CCCFFFFFHGHHGJIHIHIHIJJJIIF1DGHGIIJIGGHIII @ GIIDHIGHHHDFB ACEDA（5;？@BCCCCCCCA NH：I：20
我正在寻找的是一个命令，它只会管道第一种类型的所有行，但是来自第二种类型，只有最后一个字段为“NH:i:1”的行。
如果没有这个条件，我的管道命令如下所示：
> <program1> <program1_arguments> | <program2> <program2_arguments>
（具体来说，program1是一个RNA-seq读取对齐器，program2是samtools。program1的输出是一个文本sam文件，我正在将其转换为samtools以将其转换为bam格式。因此，此命令如下所示：< / p>
> <aligner> reads.fastq | samtools view -bS - > out.bam
）
所以我希望将此条件添加到其中。
这是否（有效）可能？
答案 0 :(得分：1)
您想要的是管道中的流处理器。 <aligner> reads.fastq | grep -E '^@|$' | samtools view -bS - >out.bam
在这里可能就足够了：
grep这只会将以 @ 开头的行或以 NH：i：1 结尾的行从一个流程传递到另一个流程。
没有理由像这样插入label{
white-space:nowrap;
}应该效率低下。