Question

我试图运行一个名为D3E的Python包，用于单细胞差异基因表达。我在Fedora 20上安装了Python 2.7.5。我刚刚使用instructions here安装了SciPy软件包：

sudo yum install numpy scipy python-matplotlib ipython python-pandas sympy python-nose

但是，当我尝试运行脚本时，我不断收到SciPy错误：

bash-4.2$ python D3ECmd.py ~/Documents/geneExpressionTable.txt ~/outputFile.txt cellType1 cellTYpe2 -n=0, -z=1

    Traceback (most recent call last):
      File "D3ECmd.py", line 34, in <module>
        from D3EUtil import readData, getParamsBayesian, getParamsMoments, cramerVonMises, logStatus, goodnessOfFit, distributionTest
      File "/home/user/Software/D3E/D3EUtil.py", line 36, in <module>
        from scipy.stats import gmean, ks_2samp, anderson_ksamp
    ImportError: cannot import name anderson_ksamp

您建议我尝试修复此错误？

感谢。

Answer 1

正如@Warren指出的那样，anderson_ksamp在scipy版本.12.1中不可用。这是一个相对较新的scipy补充。

我不一个fedora用户。也就是说，听起来像使用pip安装scipy是你最好的选择。

第一步：安装依赖项。查看Muneeb的答案，了解有关如何install blas and lapack on fedora.的信息应该如此简单：

sudo yum install lapack lapack-devel blas blas-devel

第二步：使用pip安装scipy。

sudo pip install --upgrade scipy

这个过程需要很长时间。吃午饭你回来后应该有一份scipy的工作副本。

请注意，如果您没有pip，请运行以下命令：

sudo yum install python-pip

Fedora 20上的SciPy包：ImportError：无法导入名称anderson_ksamp

1 个答案: