使用shell脚本操作文本？

Question

如何使用shell脚本操作文本文件？

输入

chr2:98602862-98725768
chr11:3100287-3228869
chr10:3588083-3693494
chr2:44976980-45108665

预期产出

2 98602862 98725768
11 3100287 3228869
10 3588083 3693494
2 44976980 45108665

Answer 1

使用sed即可编写

$ sed 's/chr//; s/[:-]/ /g' file
2 98602862 98725768
11 3100287 3228869
10 3588083 3693494
2 44976980 45108665

或许您可以使用awk

awk -F "chr|[-:]" '{print $2,$3, $4}' file
2 98602862 98725768
11 3100287 3228869
10 3588083 3693494
2 44976980 45108665

它的作用

• -F "chr|[-:]"将字段分隔符设置为chr或:或-。现在您可以打印不同的字段或列。

• 您还可以使用另一个字段分隔符-F [^0-9]+，它将除数字之外的任何内容作为分隔符。

Answer 2

如果你不关心领先的空白字符：

$ tr -s -c '[0-9\n]' ' ' < file
 2 98602862 98725768
 11 3100287 3228869
 10 3588083 3693494
 2 44976980 45108665