Question

我尝试使用

从源代码使用R 3.1.2在我的计算机上安装rpy2

python setup.py install --user

它输出成功，但是当我尝试使用

进行测试时

python -m rpy2.tests

它给我以下输出：

rpy2 version: 2.6.0
- built against R version: 3-1.2--66913
- running linked to R version: R version 3.1.2 (2014-10-31)
/scratch/opt/python-2.7.9/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.6.0-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/lib/ggplot2.py:59: UserWarning: This was designed againt ggplot2 version 1.0.1 but you have 1.0.0
  warnings.warn('This was designed againt ggplot2 version %s but you have %s' % (TARGET_VERSION, ggplot2.__version__))
....../tmp/tmp05nvfc.py:17: UserWarning:

  ri.baseenv['eval'](ri.parse(rcode))
............................................................................................................................................................................................................python: symbol lookup error: /usr/lib64/RRO-8.0.2/R-3.1.2/lib64/R/lib/libmkl_gnu_thread.so: undefined symbol: omp_get_num_procs

我在此处存储了完整的安装日志：

https://bitbucket.org/Tamaki_Sakura/labscript/src/4cf05da1e19fca5b539c0ffb96c4334c6afe850d/stackoverflowtemp.txt?at=default

这个问题与我以前的老问题有关：

Could not install rpy2 correctly

然而他们并不相同。它发生在不同的机器上，而我现在拥有的机器确实将R构建为库。

Answer 1

问题可能与openmp和/或Intel的MKL有关，与编译R的方式有关（当你运行rpy2时，这是不同的）。可能需要设置环境变量......

无法正确安装rpy2：未定义的符号omp_get_num_procs

1 个答案: