Question

我有2个序列，例如s = aaba和ss = aa，我希望ss一直在s中。在这个例子中： [0,1]，[0,3]和[1,3] 我的代码如下。它工作正常，除了很长的s与多个ss。在那种情况下，我有

Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded （我已经在最大限度使用带-Xmx的java了...）

public static ArrayList<ArrayList<Integer>> getListIndex(String[] s, String[] ss, int is, int iss) {
    ArrayList<ArrayList<Integer>> listOfListIndex = new ArrayList<ArrayList<Integer>>();
    ArrayList<ArrayList<Integer>> listRec = new ArrayList<ArrayList<Integer>>();
            ArrayList<Integer> listI = new ArrayList<Integer>();

    if (iss<0||is<iss){
        return listOfListIndex;
    }

    if (ss[iss].compareTo(s[is])==0){

        //ss[iss] matches, search ss[0..iss-1] in s[0..is-1]
        listRec = getListIndex(s,ss,is-1,iss-1);

        //empty lists (iss=0 for instance)
        if(listRec.size()==0){
            listI = new  ArrayList<Integer>();
            listI.add(is);
            listOfListIndex.add(listI);
        }
        else{
            //adding to what we have already found
            for (int i=0; i<listRec.size();i++){
                listI = listRec.get(i);
                    listI.add(is);
                    listOfListIndex.add(listI);
            }
        }
    }
    //In all cases
    //searching ss[0..iss] in s[0..is-1]
    listRec = getListIndex(s,ss,is-1,iss);
    for (int i=0; i<listRec.size();i++){
        listI = listRec.get(i);
            listOfListIndex.add(listI);
    }

    return listOfListIndex;
}

有没有更有效率地做到这一点？

Answer 1

嗯，基本问题是你的算法是递归的。 Java不进行尾部调用优化，因此每次递归调用都会添加到堆栈中，直到溢出为止。

您要做的是将您的算法重新构造为可迭代，这样您就不会添加到堆栈中。考虑将循环（带终止测试）作为方法的最外层元素。

另一种看待这个问题的方法是将其分为两个步骤：

捕获所有给定角色（在您的示例中为“a”）的位置为一组。
这里你想要的只是它们之间完整的组合。请记住，从 n 不同的事物中选择 r 事物的组合数量的等式是：
```
 C(n,r) = n!/[r!(n-r)!]
```

Answer 2

由于包装类的开销，

ArrayList<Integer>的内存效率非常低。使用GNU Trove中的TIntArrayList可能会将内存使用量减少3倍（如果您在64位JVM上运行，则会更多）。

Answer 3

我怀疑递归是问题（想想最大递归深度是什么）。通过收集s中ss中TreeSet的每个字符的凹凸，然后在需要“前进”时简单地取.tailSet，可以有效地实现该算法。字符串。

import java.util.*;


public class Test {

    public static Set<List<Integer>> solutions(List<TreeSet<Integer>> is, int n) {

        TreeSet<Integer> ts = is.get(0);
        Set<List<Integer>> sol = new HashSet<List<Integer>>();
        for (int i : ts.tailSet(n+1)) {
            if (is.size() == 1) {
                List<Integer> l = new ArrayList<Integer>();
                l.add(i);
                sol.add(l);
            } else 
                for (List<Integer> tail : solutions(is.subList(1, is.size()), i)) {
                    List<Integer> l = new ArrayList<Integer>();
                    l.add(i);
                    l.addAll(tail);
                    sol.add(l);
                }
        }
        return sol;
    }


    public static void main(String[] args) {
        String ss = "aaba";
        String s = "aa";

        List<TreeSet<Integer>> is = new ArrayList<TreeSet<Integer>>();

        // Compute all indecies of each character.
        for (int i = 0; i < s.length(); i++) {
            TreeSet<Integer> indecies = new TreeSet<Integer>();
            char c = s.charAt(i);
            for (int j = 0; j < ss.length(); j++) {
                if (ss.charAt(j) == c)
                    indecies.add(j);
            }
            is.add(indecies);
        }

        System.out.println(solutions(is, -1));
    }
}

输出：

[[0, 1], [1, 3], [0, 3]]

获取子序列匹配中的索引列表

3 个答案:

输出：