Question

我如何从shell调用R脚本（例如从Node.js exec调用）并将结果导出为JSON（例如返回Node.js）？

下面的R代码基本上有效。它读取数据，拟合模型，将参数估计值转换为JSON，然后将它们打印到stdout：

#!/usr/bin/Rscript --quiet --slave
install.packages("cut", repos="http://cran.rstudio.com/");
install.packages("Hmisc", repos="http://cran.rstudio.com/");
install.packages("rjson", repos="http://cran.rstudio.com/");
library(rjson)
library(reshape2);

data = read.csv("/data/records.csv", header = TRUE, sep=",");
mylogit <- glm( y ~ x1 + x2 + x3, data=data, family="binomial");
params <- melt(mylogit$coefficients);
json <- toJSON(params);
json

以下是我想从Node中调用它的方法......

var exec = require('child_process').exec;
exec('./model.R', function(err, stdout, stderr) {
   var params = JSON.parse(stdout);  // FAIL! Too much junk in stdout       
});

除了R进程不会停止打印到stdout。我试过--quiet --slave --silent这些都有点帮助，但还不够。这是发送到stdout的内容：

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages
[1] "{\"value\":[4.04458733165933,0.253895751245782,-0.1142272181932,0.153106007464742,-0.00289013062471735,-0.00282580664375527,0.0970325223603164,-0.0906967639834928,0.117150317941983,0.046131890754108,6.48538603593323e-06,6.70646151749708e-06,-0.221173770066275,-0.232262366060079,0.163331098409235]}"

What's the best way to use R scripts on the command line?

根据以下帖子运行R --silent --slave CMD BATCH model.R仍会导致大量无关文字打印到model.Rout：

Run R script from command line

Answer 1

这些选项仅阻止R自己的系统消息打印，它们不会阻止另一个R功能进行打印。否则你将停止你的最后一行打印，你不会让你的json到stdout！

这些邮件来自install.packages，请尝试：

 install.packages(-whatever-, quiet=TRUE)

声称减少了输出量。如果它减少到零，则完成工作。

如果没有，则可以使用sink重定向stdout，或在capture.output内运行。

从命令行静默运行R，将结果导出到JSON

1 个答案: