我希望让我的项目符合此处描述的指南：http://infinitemonkeycorps.net/docs/pph/。我目前有以下目录：
src/
test/
doc/
我真的想按如下方式组织我的src/文件：
src/
similar_files/
other_files/
helpers/
etc
但是，我不熟悉如何让我的模块和类以相同的方式进行交互，即如果一个文件夹中的某个模块需要访问另一个文件夹中的模块。这是组织我的项目的坏方法吗？如果没有，我怎么能完成我想要的？
谢谢！