Question

在我的硕士论文项目中，我想合并几个具有不同命名空间的本体（仅填充个人），但共享相同的导入和一些个体（例如，本体A＃Harold＆amp; ontologyB＃Harold）。

我试图获得一个新的合并本体，其中：

保留了2个本体的本体标题信息（如使用OWL API 3.5.1的Protege 5）。
来自合并本体的个人＆＃34;合并＆＃34;尽管名称空间不同
合并的本体只有1个命名空间

我的合并代码

private ArrayList<Ontology> ontologies;
    private OWLOntologyManager man;
    private OWLOntologyMerger merger;
    private String fileName;
    private OWLOntology mergedOntology;

public Merger(ArrayList<Ontology> ontologies, OWLOntologyManager man, String filename){

        this.ontologies = ontologies;
        this.man = man;
        this.fileName = filename;
        //create the OWL Ontology merger which retrievs all loaded ontology from manager
        merger = new OWLOntologyMerger(man);    
        //call the merging process
        mergeOntologies();
    }

private void mergeOntologies(){
        IRI mergedOntologyIRI = IRI.create("http://semanticweb.org/ontology/" + fileName);
        for(Ontology ontology : ontologies){
            try {

                man.loadOntologyFromOntologyDocument(ontology.getFile());

            } catch (OWLOntologyCreationException e) {
                e.printStackTrace();
            }
        }
        try {
            mergedOntology = merger.createMergedOntology(man, mergedOntologyIRI);
        } catch (OWLOntologyCreationException e) {
            e.printStackTrace();
        }   
    }

到目前为止，我只能归档本体个体的简单文本合并。在Protege上也会合并本体标题，但不能与我的代码合并。

据我所知，我无法合并具有相同命名空间的2个本体，OWLOntologyManager将抛出异常。因此，它不是一种选择。

我怎样才能实现＆＃34; smart＆＃34;合并本体？我做错了什么？有代码示例吗？

回应Ignazio：使用本体标题我的意思是：

<owl:Ontology rdf:about="http://semanticweb.org/ontologies/Harold/Structural_Context">
        <structure:modeltype>Structural Context</structure:modeltype>
        <structure:modelname>Harold</structure:modelname>
        <structure:adoversion>Version 1.0 4.0</structure:adoversion>
        <structure:date>07.01.2015</structure:date>
        <structure:time>17:49</structure:time>
        <structure:username>alex</structure:username>
        <owl:imports rdf:resource="http://MyServer/HCML/structure"/>
    </owl:Ontology>

Ontology A的Harold个人看起来像：

<owl:NamedIndividual rdf:about="http://semanticweb.org/ontologies/Harold/Structural_Context#Harold">
        <rdf:type rdf:resource="http://MyServer/HCML/structure#Object"/>
    </owl:NamedIndividual>

Ontology B的个人Harold看起来像：

<owl:NamedIndividual rdf:about="http://semanticweb.org/ontologies/evening_activity/User_Context#Harold">
        <rdf:type rdf:resource="http://MyServer/HCML/structure#Person"/>
        <structure:connection rdf:resource="http://semanticweb.org/ontologies/evening_activity/User_Context#bedroom"/>
        <structure:calling rdf:resource="http://semanticweb.org/ontologies/evening_activity/User_Context#enter_the_living_room"/>
        <structure:executing rdf:resource="http://semanticweb.org/ontologies/evening_activity/User_Context#enter_the_living_room"/>
        <structure:participating rdf:resource="http://semanticweb.org/ontologies/evening_activity/User_Context#enter_the_living_room"/>
    </owl:NamedIndividual>

添加公理：

IRI mergedOntologyIRI = IRI.create("http://semanticweb.org/ontology/" + fileName);
        Set<OWLAxiom> axioms = new HashSet<OWLAxiom>();
        for(Ontology ontology : ontologies){
                man.loadOntologyFromOntologyDocument(ontology.getFile());
                axioms.addAll(ontology.getOntology().getAxioms());
                man.removeOntology(ontology.getOntology());
        }
            mergedOntology = man.createOntology(mergedOntologyIRI);
            man.addAxioms(mergedOntology, axioms);

结果与使用OWLOntologyMerger相同。

手动合并公理，导入和使用OWLEntityRenamer我可以实现良好的合并结果。

这里是代码：

private void mergeOntologies(){
IRI mergedOntologyIRI = IRI.create("http://semanticweb.org/ontology/" + fileName);
    //Using HashSet to avoid duplicated entries
    Set<OWLAxiom> axioms = new HashSet<OWLAxiom>();
    Set<OWLImportsDeclaration> imports = new HashSet<OWLImportsDeclaration>();
    try{    
        for(Ontology ontology : ontologies){
            man.loadOntologyFromOntologyDocument(ontology.getFile());
            axioms.addAll(ontology.getOntology().getAxioms());
            imports.addAll(ontology.getOntology().getImportsDeclarations());
            man.removeOntology(ontology.getOntology()); 
        } 
        mergedOntology = man.createOntology(mergedOntologyIRI);
        man.addAxioms(mergedOntology, axioms);
    } catch (OWLOntologyCreationException e) {
        e.printStackTrace();
    } 
    //Adding the import declarations
    for(OWLImportsDeclaration decl : imports){
        man.applyChange(new AddImport(mergedOntology, decl));
    }
    //rename individuals names to use the merged ontology's IRI
    renameIRIs(mergedOntologyIRI);
}

  private void renameIRIs (IRI newIRI){
        OWLEntityRenamer renamer = new OWLEntityRenamer(man, man.getOntologies());

        for(Ontology ontology : ontologies){
            for ( OWLEntity individual : ontology.getOntology().getIndividualsInSignature()){
                //replace the individual's old IRI with the new one E.g: http://ontologyOld#name becomes newIRI#name
                IRI individualName = IRI.create(individual.getIRI().toString().replaceFirst("[^*]+(?=#|;)", newIRI.toString()));
                man.applyChanges(renamer.changeIRI(individual.getIRI(), individualName));
            }
        }   
    }

Answer 1

本体的命名空间不是问题 - 问题是当本体具有相同的本体id时。在这种情况下，它们不能在同一个管理器中合并 - 管理器需要关系ontologyID->ontology才能运行。为了能够为新的本体使用相同的本体id，它必须由一个单独的管理器管理。

请注意，本体IRI并未规定其中包含的各个名称的命名空间;一旦解析，单个IRI独立于本体，并且公理可以移动到其他本体而没有问题。

您能描述一下本体标题的含义吗？

本体公理本身可以多种方式合并;我能想到的最简单的方法是将所有公理从本体添加到集合中，并使用集合创建新的本体。

如何将2个本体与OWL API 4或3.5正确合并

结果与使用OWLOntologyMerger相同。

1 个答案: