Question

这是用于阵列质量指标的R脚本。第一步进展顺利，但在执行第二步后发生错误。

library(arrayQualityMetrics)

library(limma)

library(tcltk)
X <-tk_choose.files(caption = "Choose X")

maData<-read.maimages(X, source="agilent", other.columns = "g", green.only=TRUE)

eSet<-new("ExpressionSet", exprs = maData$other$g, annotation =maData$genes[,7])

arrayQualityMetrics(eSet, outdir="QC_C", force = TRUE, do.logtransform = TRUE)

程序现在正在运行，但它显示此警告消息：

The directory 'QC_C' has been created.
Warning messages:

1: In svgStyleAttributes(style) :
  Removing non-SVG style attribute name(s): subscripts, group.number, group.value

2: In svgStyleAttributes(style) :
  Removing non-SVG style attribute name(s): subscripts, group.number, group.value

我哪里出错了？这是文件中的错误还是Rscript错误....

Answer 1

在路径下提供文件夹的完整路径，如下所示：

scanFiles<-dir(path='/path/to/folder/',pattern = ".*.txt$")

无法通过Rscript从一个文件夹执行所有文本文件

1 个答案: