Question

我想在线提交一个蛋白质序列，用于使用HHpred工具进行HMM比较，并收集其作业ID，以便我可以在以后收集输出并进行处理。但我有1200个这样的序列，我需要非常糟糕地自动化这个过程。我试图在Python中使用mechanize包，但由于没有可用的文档，我无法正确理解。

import mechanize
ur = "http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred/"
request = mechanize.Request(ur)
response = mechanize.urlopen(request)
forms = mechanize.ParseResponse(response, backwards_compat=False)
print response.code
form = forms[0]
print form

original_text = form["jobid"]
form["jobid"] =     '''MNDKSKNMMKNFIRTFAGLLLAILLILGFFLLVFPKAGDRFLADKKVSTLSAKNLTYAALGDSLTEGVGDATGQGGF    VPLFAKDIENKTDSSVSSQNFGKAGDTSTQIYNRMMKSKKITDGLKKADIITITIGGNDVLKV
IRDNVSKLSSMTEKDFTKPEELYQARVKKLLDKIREDNPKAQIYVLGIYNPFYLNFPELTVMQNVIDSWNTATAGVVSQE    KNTYFIPINDLLYKGSGDKQAVESGSTSDAVSNNLLYTEDHFHPNNVGYQLMADAVFASY
KEVNQK'''
control = form.find_control("jobid")
print control.name, control.value, control.type
control = form.find_control("showres")
print control.name, control.value, control.type
print control.disabled
request2 = form.click("showres")
response2 = mechanize.urlopen(request2)
forms2 = mechanize.ParseResponse(response2, backwards_compat=False)
form2 = forms2[0]
print form2

网站http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred/有很多输入字段，但我只能使用'mechanize'解析器在控件列表中看到“jobid”和“showres”。上面的代码是我试图做的，但它完全不正确。我实际上想要在文本框中粘贴序列并点击提交，如果可能的话，在底部给我自己的job-id。点击提交后保存生成的页面的URL。请帮助我。（我正在使用Windows）

我想自动化一个在线提交工作和使用Python收集工作ID的过程

0 个答案: