Question

我有一个看起来像这样的文件：

OG_100000: V_bacterium_v|198260291 O_bacterium_v|391222558 O_terrae_v|182414991

我做了这个功能：

def readGroupFile(groupFileName):
dict_gene_taxonomy = {}
fh = open(groupFileName,"r")

for line in fh:
    liste = line.split(": ")
    groupName = liste[0]
    genesAsString = liste[1]
    dict_taxon = {}
    liste_gene = genesAsString.split()

    for item in liste_gene:
        taxonomy_gene = item.split("|")
        taxonomy = taxonomy_gene[0]
        geneId   = taxonomy_gene[1]                         

        if taxonomy in dict_taxon:
            listeCorrespondantATaxonomy = dict_taxon[taxonomy]
            listeCorrespondantATaxonomy.append(geneId)
        else:
            dict_taxon[taxonomy] = []
            dict_taxon[taxonomy].append(geneId)

    dict_gene_taxonomy[groupName] = dict_taxon
fh.close()
return dict_gene_taxonomy

我做了这个函数，使每个字典中的字典和拆分元素只能到达管道后面的元素（＆＃34; |＆＃34;），称为geneId。

然后我做了一个函数，用这些geneID在互联网数据库上创建一个Post Request。我不会链接整个函数，因为当我在函数行中手动添加geneId时它可以正常工作：

data = urllib.parse.urlencode(getPost("391222558"))

考虑到＆＃34; 391222558＆＃34;是一个来自组文件的geneId，但我需要用每个＆＃34; geneId＆＃34;来替换这些数字。在我的readGroupFile函数中。我不能写：

data = urllib.parse.urlencode(getPost(geneId))

因为我调用了readGroupFile中的一个元素，该元素未在此函数之外定义。那么我怎样才能达到所有＆＃34; geneId＆＃34;在我的readGroupFile函数中，在getPost（...）中添加此参数，以便它可以用于我的组文件中的每个geneId吗？

Answer 1

你的问题是你只创建局部变量，并在函数结束时删除它们。
所以你有几个选择：
第一个是将geneid定义为全局变量，你所要做的只是：

     global geneid
     def readGroupfile():
     global geneid

你必须定义他一次不在函数中，然后每当你使用它时只写全局和他的名字，它将使他成为全局变量。你的secend选项是对你的dict做同样的事情，它也包含这个变量。我希望我帮助过你。

Python3如何在另一个函数中使用函数中的元素

1 个答案: